本发明公开水稻耐低温相关基因及其在水稻耐低温育种中的应用。水稻耐低温相关基因CT1的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,其编码的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。通过将水稻耐低温相关基因CT1突变后获得功能部分缺失或减弱的突变体植株,提高水稻品种的耐低温能力及在低温条件下的生长势。本发明提供的水稻耐低温相关突变基因能改良幼苗的低温耐受性,通过基因编辑技术创制该基因SEQ ID NO.1的功能部分缺失或减弱突变体植株,并筛选出耐低温、且其他农艺性状优良的株系用于育种改良,将是培育苗期耐低温品种的有效方法。