本发明公开了一种用于鉴定鸭黄麻羽性状的分子标记及其应用，所述的分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述的分子标记来源于鸭21号染色体，该序列的上存在与鸭黄麻羽性状相关的SNP位点，该SNP位点位于该序列的428位，碱基为AG。同时提供了扩增所述分子标记的引物，如SEQ ID NO.2～3所示。本发明分子标记和引物可用于鉴别纯合黄麻羽性状种鸭的基因型。从而为黄麻羽鸭个体基因型鉴定提供一种简单、快速、准确的方法。
本发明属于生物技术领域，涉及一种与鸭黑色和褐色羽性状相关的分子标记及其应用；所述分子标记位于鸭基因组的11号染色体上，区间为Chr11:20696245‑20697373核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；所述分子标记位于所述区间的第157位点，突变碱基为A或G，利用本发明的分子标记及其应用，仅需要一个世代的检测，就可以使育种群在目标羽色性状(黑色、褐色)上达到100％纯合，避免后代再次产生羽毛性状分离，提升育种效率；在麻羽肉鸭新品种或新品系的培育过程中，可以雏鸭阶段快速准确的鉴别待测个体的目标羽色类型(黑色羽、褐色羽)及其基因型，从而进行早期剔除，降低育种成本，缩短育种周期。
