本发明公开了一种脉冲磁粒子成像方法和系统,方法包括:产生脉冲均匀交变的主磁场;根据成像需求选择产生X Y Z至少之一方向的脉冲非均匀交变的梯度磁场并改变其大小,使空间总梯度磁场在已注入磁纳米粒子的待测目标所在的空间中遍历至少一个预设方向,且在每一预设方向上通过改变主磁场的大小使脉冲磁场的大小得到预定值次变化;持续获取磁纳米粒子产生的电压信号;每半个脉冲振荡周期获得电压信号的时域衰减面积作为成像参量;利用获得的多个成像参量基于系统矩阵对磁纳米粒子的浓度分布进行重建成像。本发明对全空间的磁纳米粒子进行非均匀脉冲激励,相比传统MPI能降低设备功耗、提高图像信噪比、空间分辨率、扫描效率并扩大成像视野。