本发明公开了狗牙根EST‑SSR分子标记引物及应用,所述引物包括50个引物对,序列如SEQ ID NO:1~100所示;所述的引物在狗牙根核心种质群体分析中的应用。本发明从125对狗牙根EST‑SSR引物中筛选出50对引物,筛选出的引物数量大、多态性好,条带清晰,主带明显,该50对EST‑SSR引物在66份狗牙根供试材料中均能扩增出多态性较好的条带,且扩增稳定、重复性好,可用于狗牙根核心种质群体遗传多样性和群体结构分析,对于种质资源创新和有效保护利用以及品种改良、新品种选用等具有十分重要的意义和应用前景。