本发明属于分子生物学领域，具体涉及一种稻瘟病菌无毒基因AVR‑Pik分子标记系统及其引物和应用。所述分子标记系统由分子标记CM‑136、CM‑200和CM‑234组成；分子标记CM‑136由DNA片段1、2、3组成，分子标记CM‑200由DNA片段1、4、5组成，分子标记CM‑234由DNA片段1、6、7组成；DNA片段1～7的核苷酸序列如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.7所示。本发明所述共显性分子标记系统能够有效鉴定出稻瘟病菌所携带的AVR‑Pik的等位基因类型、组成和分布，检测的准确性高，与传统的酶切、测序、接种鉴定的方法相比，具有成本低廉、耗时少、操作简单的特点。
本发明公开了检测水稻广谱抗稻瘟病基因Pike的分子标记及其应用，属于分子生物学领域。本发明公开的分子标记为包含DNA片段1、2、3、4、6的分子标记CP‑G1328C，包含DNA片段1、2、4、5、6的分子标记CP‑G1328T，包含DNA片段1、2、4、6、7的分子标记CP‑G1328G’，DNA片段1‑7的序列分别如SEQ ID NO.1‑7所示。扩增这些分子标记的引物包括Pik‑F、Pik‑R、G‑F、C‑R、T‑R、G’‑R，各引物序列分别如SEQ ID NO.8‑13所示。本发明的分子标记或引物可用于水稻抗稻瘟病基因Pike等位基因类型鉴别、种质资源筛选和分子标记辅助选择育种。
