本发明提供了一种ISSR‑PCR引物在小麦白粉菌群体遗传多样性分析中的应用,属于分子标记技术领域。本发明利用ISSR‑PCR引物在小麦白粉菌群体遗传多样性分析和/或群体遗传变异分析中的应用,所述ISSR‑PCR引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:1~SEQ ID NO:6所示。为了从分子水平上揭示新疆小麦白粉菌群体遗传多样性及群体间和群体内的遗传变异、分化,明确新疆小麦白粉菌群体遗传多样性,本发明利用ISSR‑PCR引物对新疆不同区域小麦白粉菌群体进行分子遗传多样性研究,深层次揭示病原菌群体遗传变异,其研究结果对抗病育种以及布局和轮换小麦品种,控制小麦白粉病具有重要的指导意义。