本发明提供一种影响猪生长性状的主效SNP标记,所述SNP标记位于猪7号染色体上的HMGA1基因的核苷酸序列上,所述SNP标记的位点为SEQ ID NO:1序列标注位置为857的C857-G857的核苷酸突变,对应于国际猪基因组10.2版本参考序列7号染色体上第34983991个核苷酸位点C>G突变;或为与该位点完全连锁的其它七个位点之一。本发明还提供如上所述的SNP标记在种猪生长性状遗传改良中的应用,以及提供一种与上述SNP标记的连锁不平衡程度(r2)大于0.8的SNP分子标记在种猪生长性状遗传改良中的应用。所述生长性状例如包括猪活体体长、活体体高、胴体长、胴体重、日增重和头重中的一种或多种。本发明能够加快猪种的育种进程,有效提高种猪的生产性能,获得显著的经济效益。
本发明关于一种位于猪3号染色体上的PHKG1基因的核苷酸或氨基酸序列,所述PHKG1基因的突变位点为SEQ ID NO:1所示序列的第8118位的单核苷酸C与A互变,当由C突变为A时,导致PHKG1基因在转录过程中所产生的一个较正常转录本缺失了32bp片段的异常转录本,该缺失的32bp片段位于SEQ ID NO:1的5’端第8123-8154位碱基。在此基础上,通过选择有利的基因型个体留种,淘汰不利的基因型个体,可以显著提高种群肉质性状,尤其是降低肌糖原含量、减少滴水损失和加工损失、提高pH值和肌内脂肪含量,从而改善猪肉品质。