本发明属于植物基因工程技术领域,尤其涉及一种烟草腺毛特异性启动子pNtCER3a及其应用。所述pNtCER3a具有SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列或与其相似性高于90%以上的核苷酸序列。本发明提供的烟草腺毛特异性启动子pNtCER3a只在烟叶腺毛中驱动目的基因的表达,由此可以定向调控目的基因的表达场所,减少目的基因无差别组织表达对烟草其它组织正常生长的影响,同时增加目的基因在腺毛中表达的效果,提高例如烟草腺毛次生代谢物的合成、积累和提取效率,为将腺毛作为生物反应器以生产人类需要的次生代谢物质和高香气烟草品种的选育、提高烟草叶面分泌物的产量等品质改良方面提供了新的调控手段和解决途径。