本发明公开了一种橡胶树云研3042鉴定的分子标记引物、试剂盒及应用。分子标记引物包括上游引物和下游引物,所述上游引物如序列表中SEQ ID NO:1所示,所述下游引物如序列表中SEQ ID NO:2所示。试剂盒包括上述分子标记引物。应用包括:将分子标记引物用于鉴定橡胶树云研3042。利用标记的测序结果来区分品种,如不同序列之间存在一个或多个碱基的差异,或替换,或插入,或缺失,或重复等,从而实现对云研3042的鉴定,并可对橡胶树IAN873、GT1、云研774和热垦516进行区分,可准确地对橡胶树品种进行鉴定。