本发明公开了一种蒙古野驴微卫星分子标记组合及其引物和应用,涉及DNA分子标记技术领域。该蒙古野驴微卫星分子标记组合,包括核苷酸序列分别如SEQ ID NO.17‑24所示的Eqr3400、Eqr5948、Eqr732、Eqr166、Eqr1096、Eqr1226、Eqr652和Eqr821。该分子标记组合的扩增引物组合,包括如SEQ ID NO.1‑16所示的核苷酸序列。本发明开发了一组具有丰富多态性的蒙古野驴微卫星分子标记,并提供了一组蒙古野驴微卫星引物。本发明提供的蒙古野驴微卫星引物对能够对微卫星位点进行特异性扩增,并且具有高度多态性。