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[发明专利]一种细胞游离DNA测序数据的突变分析方法和装置-CN201910538698.5在审
发明人：王效智;刘磊琴 -专利权人： 上海其明信息技术有限公司
申请日： 2019-06-20 - 公布日： 2020-12-22 - 主分类号： C12Q1/6858 文献下载
摘要：本发明涉及一种细胞游离DNA测序数据突变分析方法及装置。所述方法包括以下步骤：1.预处理原始的测序数据；2.比对到参考标准基因组，对PCR重复序列进行鉴定与排除，并校正序列的比对误差，得到准确的序列比对文件；3.进行肿瘤相关体细胞变异位点的鉴定，采用Sentieon软件TNScope工具，设置参数确保能检测到高于万分之五变异丰度的cfDNA变异位点，得到潜在的肿瘤相关体细胞变异位点表；4.分析和鉴定高度可信的低频变异，最终得到期望的阳性变异分析结果。本发明的方法能够达到超高的突变灵敏度检测以及高验证准确率。
一种细胞游离 dna 序数突变分析方法装置

[发明专利]一种细胞固定的方法-CN201910897141.0在审
发明人：李奇;孔培涛;陈亚庆;杨圳;蔡建飞 -专利权人： 上海其明信息技术有限公司
申请日： 2019-09-23 - 公布日： 2019-11-26 - 主分类号： C12N11/14 文献下载
摘要：本发明提供了一种细胞固定的方法，包括：在将细胞重悬和过滤后，用0.5‑5体积％的甲醛溶液固定细胞的步骤。该方法可应用于单细胞测序的样本准备方法。该方法对前期细胞样本处理的要求并不严格，也无需特殊的仪器来处理细胞，并且成本低廉，操作简便。
固定细胞甲醛溶液细胞固定细胞样本细胞重悬样本准备测序过滤细胞应用

[发明专利]数据处理方法-CN201910795698.3在审
发明人：杨圳;王文山 -专利权人： 上海其明信息技术有限公司
申请日： 2019-08-27 - 公布日： 2019-11-26 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明揭示了一种数据处理方法，具体来说涉及ICB‑scSeq技术中的下机数据的处理方法。使用该数据处理方法，能够低成本地、简单地、快速地进行细胞测序，具有相当大的经济效益和安全效益。
数据处理安全效益低成本测序细胞

[发明专利]单细胞测序的建库方法-CN201910868822.4在审
发明人：孔培涛;李奇;陈亚庆;杨圳;蔡建飞 -专利权人： 上海其明信息技术有限公司
申请日： 2019-09-16 - 公布日： 2019-11-12 - 主分类号： C40B50/06 文献下载
摘要：本发明公开了一种单细胞测序的建库方法，其包括(a)对甲醛固定的细胞利用第一反转录引物进行细胞内反转录标记第一轮条形码(barcode)；(b)利用连接反应，使用第二轮引物和第三轮引物标记第二轮和第三轮barcode；(c)裂解生成子文库，模板转换后，利用PCR富集模板；(d)利用index PCR标记第四轮barcode。本发明的建库方法采用固定的细胞或者细胞核作为实验材料，而不仅限于新鲜的样品，允许样品来源的复杂性，可以更为有效地利用样品。
建库固定的细胞测序细胞核反转录引物连接反应模板转换实验材料样品来源引物标记条形码对甲醛反转录生成子有效地富集裂解引物文库新鲜

[发明专利]一种数据库的建立方法和遗传疾病的风险预测方法-CN201810065335.X在审
发明人：王东梅;李奇 -专利权人： 上海其明信息技术有限公司
申请日： 2018-01-23 - 公布日： 2018-06-15 - 主分类号： G16H50/30 文献下载
摘要：本发明公开了一种数据库的建立方法和遗传疾病的风险预测方法，包括，基于第一数据和第二数据建立第一数据库；根据所述第一数据库中的第一属性对所述第一数据库进行分类，选择分类后的第三数据；将所述第二数据与所述第三数据合并，生成整合数据；根据所述整合数据建立第二数据库。本发明的一种数据库的建立方法和遗传疾病的风险预测方法构建了遗传疾病变异数据库，并基于所述遗传疾病变异数据库结合加权GRS方法和贝叶斯公式构建了遗传疾病的风险预测的方法，使得所述遗传疾病变异数据库的记录的信息和文字标准化的同时，实现对遗传疾病的风险的准确预测。 1
遗传疾病数据库风险预测数据建立构建整合贝叶斯公式第一数据数据合并分类加权标准化预测记录

[发明专利]用于在基因芯片中将外显子探针信号值转化为转录本结构与浓度的方法-CN201310284395.8有效
发明人：王效智;李奇 -专利权人： 上海其明信息技术有限公司
申请日： 2013-07-08 - 公布日： 2016-11-09 - 主分类号： G06F19/16 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于在基因芯片中将外显子探针信号值转化为转录本结构与浓度的方法，包括以下步骤：S100，对该多个探针的初始信号值进行处理，获得转录本和探针的初始结构关系矩阵以及转录本和样本的初始浓度关系矩阵；S200，从已知转录本数据库中分别选取与该初始结构关系矩阵内每个结构关系数列阶梯距离最短的最小阶梯距离标准数列；S300，确定各该结构关系数列的最近似标准数列；S400，根据各该结构关系数列的最近似标准数列，将该初始浓度关系矩阵调整为最终的预测浓度关系矩阵。通过本发明得出的转录本结构和浓度与实验验证结果具有很好的一致性，并可为后续试验提供可靠参考。
用于基因芯片中将外显子探针信号转化转录结构浓度方法

[发明专利]快速搜索前馈环并将其可视化的方法-CN201410112193.X有效
发明人：熊昕;李奇 -专利权人： 上海其明信息技术有限公司
申请日： 2014-03-24 - 公布日： 2014-06-18 - 主分类号： G06N3/02 文献下载
摘要：本发明公开了一种快速搜索前馈环并将其可视化的方法，包括以下步骤：S1：建立网络，包括多个节点及这些节点之间的关系；S2：计算每个节点的聚类系数；S3：挑选出所有聚类系数不等于0的节点并构建一节点群；S4：从节点群中依次取出三个节点；S5：以该三个节点作为对象，判断该三个节点的任意排列方式是否为前馈环；S6：将步骤S5中的所述环状结构体以图形方式显示在人机交互界面上。本发明的快速搜索前馈环并将其可视化的方法，能够快速得到一个大型的网络中构成前馈环的各组节点及其内部的具体关系，并能够对搜索到的各前馈环进行可视化。
快速搜索前馈环可视化方法

[发明专利]全细胞蛋白和基因相互作用网络分析系统-CN201010202475.0无效
发明人：苏峰;李奇;李睿 -专利权人： 上海其明信息技术有限公司
申请日： 2010-06-17 - 公布日： 2011-12-21 - 主分类号： G06F17/30 文献下载
摘要：本发明是一种全细胞蛋白和基因相互作用网络，属于生物学和计算机数据库技术相结合的领域。目前常用的蛋白间相互作用数据来自于KEGG(京都基因与基因组百科全书)，然而，该数据库将细胞内不同功能的信号通路分别构建网络，人为地割裂了全细胞范围的相互作用网络。本发明将解析KEGG数据库，将KEGG数据库的多种功能间相互做关系连通，并连接了所有常用蛋白相互作用数据库，共同构筑了全细胞网络分析系统。Signal-Net解构了KEGG数据库，突破了KEGG-Pathway数据库中基因间相互作用关系局限于某一Pathway的限制。因此，Signal-Net在全KEGG-Pathway数据库的范围内筛选某个蛋白的上游或下游蛋白。在此，本发明将满足数据筛选条件的基因分别构建实验组和对照组基因网络。
细胞蛋白基因相互作用网络分析系统

[发明专利]群体突发病毒性疫情快速PCR检测引物文库及筛查系统-CN201010171235.9无效
发明人：程云;李林;李伯安;戚杨;迟淑萍;韩晋;苏峰;张永强 -专利权人：解放军第三○二医院;上海其明信息技术有限公司
申请日： 2010-05-11 - 公布日： 2011-11-16 - 主分类号： G06F19/28 文献下载
摘要：本发明涉及一种群体突发病毒性疫情快速PCR检测引物文库及筛查系统。本发明是一种病毒引物设计及评测系统，它属于生物学和计算机数据库技术相结合的领域。主要由临床病毒学数据库模块、病毒序列数据库模块、病毒序列自动提取模块、病毒变异序列的功能预测、病毒种属特异性序列和病毒亚型特异性序列的筛选、引物生成和评价模块以及扩增产物注释模块七个部分组成。旨在能够实现：第一，根据目标基因序列设计最佳PCR扩增的病毒引物序列；第二，保证引物的特异性和准确性；第三，预测扩增片断在未经测序的状况下，与目标病毒的匹配程度；第四，根据PCR引物的扩增序列预测病毒的临床背景资料和参考治疗方案。
群体突发病毒性疫情快速 pcr 检测引物文库系统

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