[发明专利]一种基于二代测序结果的POLE突变判别模型的构建方法及其应用

权利要求书

1.一种基于二代测序结果的POLE突变判别模型的构建方法，其特征在于，包括如下步骤：

S1、二代测序数据的预处理

对获得的待测样本和对照样本的二代测序数据进行预过滤，分别获得pileup文件；

所述预过滤包括质控、比对、去重；

所述待测样本为肿瘤患者待测组织DNA或血液游离DNA，所述对照样本为肿瘤患者唾液DNA或血液基因组DNA；

S2、序列比对、变异判读及突变过滤

利用突变检测工具对步骤S1获得pileup文件进行分析，分析数据中存在的与癌症相关基因的突变信息，注释点突变、插入/缺失突变的位点位置与具体碱基变化，标注POLE突变，获取样本所有突变的突变数、最大突变丰度；

根据突变数，过滤假阳性，过滤掉突变数小于等于50的测序数据对应的DNA样本；

S3、突变过滤数据的分析及POLE突变判别

根据步骤S2过滤后的突变数据及设定的阈值，判断POLE突变的致病性。

2.如权利要求1所述的构建方法，其特征在于，所述突变过滤数据的分析具体为：对步骤S2过滤后的数据进行分析，获取碱基C突变为碱基A突变数、碱基T突变为碱基G突变数、碱基C突变为碱基G突变数、点突变总数、插入/缺失突变总数和总突变数；

根据步骤S2注释的POLE突变，获取COSMIC数据库中POLE突变在样本对应肿瘤中的出现次数；

根据癌症相关基因的测序区域BED文件大小，获取肿瘤负荷数据；肿瘤负荷＝总突变数/测序区域BED文件大小。

3.如权利要求1所述的构建方法，其特征在于，所述POLE突变判别具体为：根据权利要求2中突变过滤数据的分析的结果，设置6个整数型计分标准：碱基C突变为碱基A突变数占点突变总数的百分比大于20％，记1分，反之不计分；碱基T突变为碱基G突变数占点突变总数的百分比大于4％，记为1分，反之不计分；碱基C突变为碱基G突变数占点突变总数的百分比小于0.6％，记为1分，反之不计分；插入/缺失位点占总突变数的百分比小于5％记为1分，反之不计分；肿瘤负荷大于100muts/mb，记为1分，反之不计分；POLE突变在肿瘤中的出现次数大于1，记为1分，反之不计分；

根据计分标准统计样本POLE突变分数，总分数大于等于4，判断为致病性POLE突变。

4.如权利要求1所述的构建方法，其特征在于，根据获取的突变数和最大突变丰度，过滤假阳性；所述待测样本为肿瘤患者待测组织DNA，过滤掉突变数小于等于50、最大突变丰度小于等于5％的测序数据对应的样本。

5.如权利要求1所述的构建方法，其特征在于，根据获取的的突变数和最大突变丰度，过滤假阳性；所述待测样本为肿瘤患者待测血液游离DNA，过滤掉突变数小于等于50、最大突变丰度小于等于1％的测序数据对应的样本。

6.如权利要求1所述的构建方法，其特征在于，所述突变检测工具为Mutscan或Varscan。

7.如权利要求1至6任一所述的构建方法，其特征在于，所述肿瘤为子宫内膜癌、肺癌、结直肠癌、黑色素瘤、胶质瘤、卵巢癌或尿路上皮癌。

8.如权利要求7所述的构建方法，其特征在于，所述子宫内膜癌为POLE分型子宫内膜癌。

9.一种POLE突变判别模型，其特征在于，利用权利要求1至8任一所述构建方法构建所得。

10.一种计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序/指令，其特征在于，该计算机程序/指令被处理器执行时实现权利要求1至8任一所述构建方法的步骤。