[发明专利]基于抗血管治疗显著改变共表达基因模块的肿瘤分型方法

权利要求书

1.基于抗血管治疗显著改变共表达基因模块的肿瘤分型方法,其特征在于，包括以下步骤：

步骤一：先从公共数据库中获取抗血管治疗队列数据，再从获取的队列数据中筛选出接受抗血管治疗患者显著改变的基因；

步骤二：先将步骤一中筛选出的接受抗血管治疗患者显著改变的基因在TCGA数据库泛癌种基因表达谱进行加权共表达网络分析，并分为8个共表达基因模块；

步骤三：先通过相关性分析和富集分析来分析步骤二中各共表达基因模块的生物功能及其在抗血管治疗中发挥的作用，再筛选出对抗血管治疗疗效有影响的3个共表达基因模块；

步骤四：先基于步骤三中筛选的3个共表达基因模块对肿瘤患者基因表达谱分型，再根据肿瘤患者肿瘤基因表达谱将患者分为抗血管治疗获益型和抗血管治疗耐药型。

2.根据权利要求1所述的基于抗血管治疗显著改变共表达基因模块的肿瘤分型方法，其特征在于：所述步骤一中，所述公共数据库包括GEO数据库和ArrayExpress数据库，所述抗血管治疗队列数据包含患者的基因表达谱矩阵和治疗信息。

3.根据权利要求1所述的基于抗血管治疗显著改变共表达基因模块的肿瘤分型方法，其特征在于：所述步骤一中，筛选显著改变的基因的具体步骤为：先从获取的队列数据中计算出接受抗血管治疗患者对比对照治疗患者的差异基因，并进行整合处理，整合处理后的差异基因视为抗血管治疗显著改变的基因。

4.根据权利要求3所述的基于抗血管治疗显著改变共表达基因模块的肿瘤分型方法，其特征在于：差异基因计算过程中，对每个队列数据集中抗血管治疗样本表达谱与对照治疗样本表达谱进行差异分析，当其P值小于0.05，logFC绝对值大于0.5时判定为差异基因。

5.根据权利要求3所述的基于抗血管治疗显著改变共表达基因模块的肿瘤分型方法，其特征在于：通过R语言RobustRankAggreg软件包对接受抗血管治疗患者差异基因进行整合处理，选择Score值小于1的基因以去除因个体差异产生的影响，由此筛选出的差异基因视为抗血管治疗显著改变的基因。

6.根据权利要求1所述的基于抗血管治疗显著改变共表达基因模块的肿瘤分型方法，其特征在于：所述步骤二中，通过加权共表达网络分析得到10个共表达基因组，并基于模块内相关性去掉2个不稳定的共表达模块，得到8个共表达基因模块。

7.根据权利要求1所述的基于抗血管治疗显著改变共表达基因模块的肿瘤分型方法，其特征在于：所述步骤二中，8个共表达基因模块的抗血管治疗显著改变，并判定模块内连接性大于0.85的基因为基因模块关键基因，以关键基因的单样本基因集富集分析评分作为基因模块表达量。

8.根据权利要求1所述的基于抗血管治疗显著改变共表达基因模块的肿瘤分型方法，其特征在于：所述步骤三中，筛选过程为在TCGA数据库泛癌种进行基因模块与可能影响抗血管治疗疗效的细胞和基因集的相关性分析及基因模块在抗血管治疗获益患者中的基因集富集分析。

9.根据权利要求1所述的基于抗血管治疗显著改变共表达基因模块的肿瘤分型方法，其特征在于：所述步骤四中，对肿瘤分型时根据患者肿瘤红色基因模块、绿色基因模块和粉色基因模块的表达情况分为抗血管治疗获益型、抗血管治疗耐药型，分型操作采用GenePattern网站的NTP模块进行。