[发明专利]玉米籽粒镉积累性状的全基因组选择研究的方法

权利要求书

1.预测玉米籽粒镉含量的方法，其特征在于：所述方法包括对模型构建群体玉米的籽粒镉含量进行测定获得所述玉米个体的表型数据集，通过全基因组关联分析获得玉米籽粒镉含量关联的SNP分子标记和所述玉米个体的所述SNP分子标记的基因型数据集，通过全基因组选择的算法，基于所述表型数据集和所述基因型数据集构建预测玉米籽粒镉含量的全基因组选择模型；对待测玉米的所述SNP分子标记进行测定获得所述待测玉米的SNP基因分型，使用所述全基因组选择模型和所述SNP基因分型计算获得所述待测玉米的基因组估计育种值，使用所述基因组估计育种值预测所述待测玉米籽粒的镉含量。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述全基因组选择的算法为岭回归最佳线性无偏预测、贝叶斯A或随机森林。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于：所述模型构建群体由训练群体与测试群体组成，所述训练群体与所述测试群体均由玉米自交系组成，所述训练群体和所述测试群体的玉米自交系的个数数比为1:1。

4.根据权利要求1-3中任一权利要求所述的方法，其特征在于：所述SNP分子标记的分布密度为每个玉米基因组上50000个。

5.预测玉米籽粒镉含量的装置，其特征在于：所述装置包括如下模块：

A1)表型数据集获得模块：用于获得模型构建群体玉米的籽粒镉含量表型数据集；

A2)基因型数据集获得模块：用于通过全基因组关联分析获得玉米籽粒镉含量关联的SNP分子标记和所述玉米个体的SNP分子标记的基因型数据集；

A3)全基因组选择模型构建模块：用于通过全基因组选择的算法，基于所述表型数据集和所述基因型数据集构建预测玉米籽粒镉含量的全基因组选择模型；

A4)待测玉米SNP基因分型获得模块：用于对待测玉米群体的所述SNP分子标记进行测定获得所述待测玉米群体个体的SNP基因分型；

A5)基因组估计育种值计算模块：用于使用所述全基因组选择模型和所述SNP基因分型计算获得所述待测玉米群体个体的基因组估计育种值；根据所述基因组估计育种值预测所述待测玉米籽粒的镉含量。

6.根据权利要求5所述的装置，其特征在于：所述全基因组选择的算法为岭回归最佳线性无偏预测、贝叶斯A或随机森林；所述模型构建群体由训练群体与测试群体组成，所述训练群体与所述测试群体均由玉米自交系组成；所述训练群体和所述测试群体的玉米自交系的个数比为1:1；所述SNP分子标记的分布密度为每个玉米基因组上50000个。

7.权利要求1-4中任一权利要求所述方法和/或权利要求5或6所述装置的下述任一种应用：

P1、在培育低镉含量玉米中的应用；

P2、在制备检测低镉含量玉米的产品中的应用；

P3、所述低镉含量玉米品种选育中的应用。

8.一种培育低镉含量玉米的方法，其特征在于：所述方法包括使用权利要求1-4中任一权利要求所述的方法预测待测玉米籽粒的镉含量，选用所述镉含量低或候选低的玉米进行育种。

9.一种计算机可读存储介质，其特征在于：所述计算机可读存储介质使计算机执行权利要求1-4中任一权利要求所述方法的步骤。

10.一种计算机可读存储介质，其特征在于：所述计算机可读存储介质使计算机建立权利要求5或6所述装置中的模块。