[发明专利]CKAP4蛋白的应用、产品、表达干扰试剂及预后模型构建方法在审
| 申请号: | 202210742800.5 | 申请日: | 2022-06-27 |
| 公开(公告)号: | CN115343474A | 公开(公告)日: | 2022-11-15 |
| 发明(设计)人: | 许凯悦;王会娟;陈超;张凯倩 | 申请(专利权)人: | 陕西佰美基因股份有限公司 |
| 主分类号: | G01N33/574 | 分类号: | G01N33/574;G01N33/68;C12N15/113;A61K31/713;A61K45/00;A61P35/00;G16H50/70;G16H50/30;G16B20/50 |
| 代理公司: | 西安智邦专利商标代理有限公司 61211 | 代理人: | 徐秦中 |
| 地址: | 712000 陕西省西*** | 国省代码: | 陕西;61 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | ckap4 蛋白 应用 产品 表达 干扰 试剂 预后 模型 构建 方法 | ||
1.一种CKAP4蛋白的应用,其特征在于:所述CKAP4蛋白作为胶质母细胞瘤特异性分子标记物。
2.根据权利要求1所述的CKAP4的应用,其特征在于:所述CKAP4蛋白作为监测胶质母细胞瘤发展进程的分子靶标。
3.根据权利要求2所述的CKAP4的应用,其特征在于:通过检测CKAP4表达水平诊断胶质母细胞瘤。
4.根据权利要求3所述的CKAP4的应用,其特征在于:所述CKAP4表达水平检测方法包括基于质谱的无标记定量分析、免疫印迹。
5.一种诊断胶质母细胞瘤的产品,其特征在于:所述产品包括检测CKAP4表达水平的试剂。
6.CKAP4蛋白的表达干扰试剂在制备抑制胶质母细胞瘤恶化的药物组合物中的应用。
7.根据权利要求6所述的应用,其特征在于:所述CKAP4的表达干扰试剂为siRNA-CKAP4,其序列为:GCAGGAUUUGAAAGCCUUATT,sense;UAAGGCUUUCAAAUCCUGCTT,antisense。
8.一种基于CKAP4的胶质母细胞瘤预后模型的构建方法,其特征在于,包括以下步骤:
S1、获取多个胶质母细胞瘤患者的胶质瘤样本,采集胶质瘤样本的mRNA表达谱获取mRNA表达数据,并分别与各个胶质瘤样本对应的临床数据匹配;
S2、采用ComBat函数消除不同批次胶质瘤样本之间的批次效应,对不同批次胶质瘤样本的mRNA测序数据进行整合;
S3、根据年龄高或低、性别、胶质瘤级别高或低、治疗方式放疗和/或化疗、IDH1突变型或野生型、X1p19q共缺失或非共缺失以及MGMT启动子甲基化或启动子未甲基化分别与CKAP4表达水平的统计学差异性,得到年龄高或低、胶质瘤级别高或低、IDH1突变型或野生型、X1p19q共缺失或非共缺失以及MGMT启动子甲基化或启动子未甲基化为CKAP4表达水平相关的因素;
S4、根据年龄高或低、胶质瘤级别高或低、IDH1突变型或野生型、X1p19q共缺失或非共缺失、MGMT启动子甲基化或启动子未甲基化及CKAP4表达水平分别与胶质母细胞瘤预后的统计学差异性,获得年龄高或低、胶质瘤级别高或低、IDH1突变型或野生型、X1p19q共缺失或非共缺失、MGMT启动子甲基化或启动子未甲基化及CKAP4表达水平为胶质母细胞瘤预后的不良因素;
S5、将胶质母细胞瘤预后的不良因素进行多变量回归分析,得到胶质瘤级别高或低、IDH1突变型或野生型、X1p19q共缺失或非共缺失及CKAP4表达水平为胶质母细胞瘤预后的独立危险因素;
S6、根据胶质母细胞瘤预后的独立危险因素构建胶质母细胞瘤患者生存概率的预测列线图,获得胶质母细胞瘤预后模型。
9.根据权利要求8所述的基于CKAP4的胶质母细胞瘤预后模型的构建方法,其特征在于:
步骤S5中,所述多变量回归分析为,采用Cox比例风险模型对胶质母细胞瘤患者的预后进行多变量分析,用于确定独立危险因素。
10.根据权利要求9所述的基于CKAP4的胶质母细胞瘤预后模型的构建方法,其特征在于:
步骤S6中,根据胶质母细胞瘤预后的独立危险因素构建胶质母细胞瘤患者生存概率的预测列线图具体为:基于从多变量回归分析中过滤得到的独立危险因素,使用Rstudio中的rms构建列阵图模型,以量化多个独立危险因素与生存概率之间的关系。
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