[发明专利]存储介质、搜索方法和搜索设备

说明书

公开了存储介质、搜索方法和搜索设备。一种存储搜索程序的非暂态计算机可读存储介质，所述搜索程序使至少一个计算机执行处理，所述处理包括：基于第一成本算术表达式的值来搜索作为组合优化问题的答案的、中等分子中包括的多个氨基酸的第一排列，第一成本算术表达式在多个氨基酸的L型与D型之间不进行区分；通过将第一排列设置为搜索的初始排列而基于第二成本算术表达式的值来搜索作为组合优化问题的答案的多个氨基酸的第二排列，第二成本算术表达式在多个氨基酸的L型与D型之间进行区分；以及输出第二排列。

技术领域

本文中讨论的实施方式涉及存储介质、搜索方法和搜索设备。

背景技术

近年来，在药物开发领域中，期待使用副作用少的中等分子(分子量500至3000)进行药物开发，正在开发用于搜索中等分子的稳定结构的搜索方法。

作为示例，存在下述搜索方法：将多个氨基酸的相互作用势应用于包含多个氨基酸的中等分子的粗粒化模型，并求解作为组合优化问题的以晶格形状划分的晶格空间中的使成本算术表达式的值最小化的氨基酸的最优排列。根据该搜索方法，可以通过搜索有效地找到粗粒化模型中的最优排列组合。

作为相关技术，公开了日本公开特许公报第2019-159683号、日本公开特许公报第2015-007537号以及日本公开特许公报第2021-082165号。

发明内容

[技术问题]

同时，即使在使用上述搜索方法的情况下，例如，在试图搜索粗粒化模型例如具有大量残基的肽中的氨基酸的最优排列组合时，搜索时间也会由于用于组合优化问题的位数变得巨大而增加。

在一方面，目的是通过搜索有效地找到中等分子的粗粒化模型中的最优排列组合。

[问题的解决方案]

根据实施方式的一方面，一种存储搜索程序的非暂态计算机可读存储介质，搜索程序使至少一个计算机执行处理，所述处理包括：基于第一成本算术表达式的值来搜索作为组合优化问题的答案的、中等分子中所包括的多个氨基酸的第一排列，第一成本算术表达式在多个氨基酸的L型与D型之间不进行区分；通过将第一排列设置为搜索的初始排列，基于第二成本算术表达式的值来搜索作为组合优化问题的答案的多个氨基酸的第二排列，第二成本算术表达式在多个氨基酸的L型与D型之间进行区分；以及输出第二排列。

[发明的有益效果]

通过搜索可以有效地找到中等分子的粗粒化模型中的最优排列组合。

附图说明

图1是示出搜索系统的系统配置的示例的图；

图2是示出终端设备的硬件配置的示例的图；

图3是示出成本算术表达式信息的示例的图；

图4是示出约束项算术表达式信息的示例的图；

图5是示出终端设备的功能配置的示例的图；

图6是示出伊辛设备的功能配置的示例的图；

图7是示出搜索处理的流程的流程图；以及

图8A和图8B是示出搜索处理的具体示例的图。

具体实施方式

在下文中，将参照附图描述每个实施方式。注意，在本说明书和附图中，具有基本相同的功能配置的部件由相同的附图标记表示，并且将省略冗余描述。

[第一实施方式]

搜索系统的系统配置