[发明专利]初始构象生成设备、生成方法和生成程序

说明书

本发明公开了初始构象生成设备、生成方法和生成程序。初始构象生成设备包括：生成单元，其通过识别多个氨基酸残基中的每个氨基酸残基的Cα原子、通过将所识别的Cα原子排列在圆周上、以及通过添加多个氨基酸残基的主链和侧链，来生成表示环肽分子的模型；以及搜索指令单元，其致使搜索单元通过使用所生成的模型作为环肽分子的初始构象来搜索环肽分子的稳定构象。

技术领域

本公开内容涉及初始构象生成设备、初始构象生成方法和初始构象生成程序。

背景技术

近年来，在药物发现领域，基于被认为引起较小副作用的中分子(分子量为500至3000)的药物发现已被预期，并且用于搜索中分子的稳定构象的搜索方法的开发正在进行中。

例如，环肽分子(cyclic peptide molecule)已经引起了极大的关注，因为环化极大地降低了熵，这使得生成具有大的结合活性的化合物成为可能。

日本公开特许公报第2010-159218号和第2020-091518号以及美国专利申请公布第2018/0260517号作为相关技术公开。

此外，F.Jiang和H.Geng，“Computational Methods for StudyingConformational Behaviors of Cyclic Peptides”，2019年，作为相关技术公开。

发明内容

[技术问题]

在搜索稳定构象时，搜索适当的搜索范围很重要，并且搜索范围是否优化很大程度上取决于初始构象。

同时，在环肽分子的情况下，初始构象已经由通过将线性肽分子的头部和尾部链接使线性肽分子环化的方法生成。为此，在所生成的初始构象中，构成环肽分子的氨基酸残基(amino acid residue)序列中的每个氨基酸残基序列具有如此低的自由度，以致在搜索稳定构象时可能无法搜索适当的搜索范围。

根据一个方面，目的是优化在搜索环肽分子的稳定构象时的搜索范围。

[发明的有益效果]

可以优化在搜索环肽分子的稳定构象时的搜索范围。

[问题的解决方案]

根据实施方式的一个方面，初始构象生成设备包括：生成单元，其通过识别多个氨基酸残基中的每个氨基酸残基的Cα原子、通过将所识别的Cα原子排列在圆周上、以及通过添加多个氨基酸残基的主链和侧链，来生成表示环肽分子的模型；以及搜索指令单元，其致使搜索单元通过使用所生成的模型作为环肽分子的初始构象来搜索环肽分子的稳定构象。

附图说明

图1是示出稳定构象搜索系统的系统配置以及终端设备和服务器设备的功能配置的示例的图；

图2A和图2B是示出终端设备和服务器设备的硬件配置的示例的图；

图3是示出环肽分子生成单元的功能配置的示例的图；

图4是示出由Cα原子排列单元进行的处理的具体示例的图；

图5是示出由添加单元和构象松弛单元进行的处理的具体示例的图；

图6是用于说明主链二面角的图；

图7是示出二面角分布图的示例的第一图；

图8是示出二面角分布图的示例的第二图；以及

图9是示出稳定构象搜索处理的序列的流程图。

具体实施方式

在下文中，将参照附图描述实施方式。在本说明书和附图中，具有基本相同的功能配置的组成元件将用相同的附图标记表示，由此将省略对其的重复描述。