[发明专利]一种基于分子模拟对接的蛋白质序列筛选方法

说明书

本发明公开了一种基于分子模拟对接的蛋白质序列筛选方法，包括以下步骤：A、将待筛选的蛋白质序列作为底物，将蛋白质序列数据库中的蛋白质序列作为受体；B、使用受体对底物进行空间匹配；C、对匹配后的蛋白质序列进行能量评估，选择能量最小的匹配结果作为底物和受体的对接结果；D、根据预设的受体筛选条件对步骤C中得到的对接结果中的受体进行筛选，与筛选出受体匹配的底物为筛选出的蛋白质序列。本发明能够改进现有技术的不足，提高了分子对接的效率。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，尤其是一种基于分子模拟对接的蛋白质序列筛选方法。

背景技术

随着计算机技术的飞速发展，使用计算机进行分子模拟对接成为了进行大分子筛选和设计的一项常用手段。但是，由于分子结构千变万化，其对接之后会产生海量的结果数据，这就导致对对接结果的分析需要耗费较多的时间。如何提高分子模拟对接在大分子筛选中的速度，成为了本领域的研究热点之一。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供一种基于分子模拟对接的蛋白质序列筛选方法，能够解决现有技术的不足，提高了分子对接的效率。

为解决上述技术问题，本发明所采取的技术方案如下。

一种基于分子模拟对接的蛋白质序列筛选方法，包括以下步骤：

A、将待筛选的蛋白质序列作为底物，将蛋白质序列数据库中的蛋白质序列作为受体；

B、使用受体对底物进行空间匹配；

C、对匹配后的蛋白质序列进行能量评估，选择能量最小的匹配结果作为底物和受体的对接结果；

D、根据预设的受体筛选条件对步骤C中得到的对接结果中的受体进行筛选，与筛选出受体匹配的底物为筛选出的蛋白质序列。

作为优选，步骤B中，使用受体对底物进行空间匹配包括以下步骤，

B1、导入受体分子；

B2、对受体分子进行修饰；

B3、对底物分子进行修饰；

B4、将经过修饰的受体和底物进行刚性对接。

作为优选，步骤B2中，对受体分子进行修饰包括以下步骤，

B21、确定受体分子上的可旋转键；

B22、随机对若干个可旋转键上的原子替换为氢原子；

B23、修改残基中的非整数电荷，消除非整数电荷。

作为优选，步骤B21中，将酰胺键设置为不可旋转键。

作为优选，步骤B3中，删除底物分子周围的水分子。

作为优选，步骤B4中，将经过修饰的受体和底物进行刚性对接包括以下步骤，

B41、将受体和底物进行随机对接，在对接结果中标识出对接成功点和对接失败点；

B42、记录对接失败点的对接结构，记录对接成功点的对接结构出现次数；

B43、返回步骤B41进行下一次对接，对接时规避对接失败点的对接结构，同时依据对接成功点的对接结构出现次数由多至少的顺序，优先使用对接成功点的对接结构进行对接；

B44、重复步骤B41～B43，直至受体和底物完全对接成功。

采用上述技术方案所带来的有益效果在于：本发明采用首创的间接筛选的方式进行蛋白质序列的筛选。首先使用空间匹配对受体蛋白进行初筛，然后使用能量匹配对受体蛋白进行二次筛选，得到最优匹配结果。然后使用得到的受体蛋白反推得到与其匹配的底物蛋白，作为筛选结果。同时在空间匹配过程中，为了提高底物和受体的匹配速度，本发明针对刚性对接的特点，优化了底物和受体的修饰过程，减少了对接过程中的无效对接位置。

附图说明

图1是本发明一个具体实施方式的原理图。

具体实施方式