[发明专利]一种甲基化测序数据过滤方法及应用

权利要求书

1.一种用于过滤甲基化测序数据的设备，其包括：

处理器；

用于存储执行指令的存储器；

其中，所述处理器执行指令时，实现甲基化测序数据的过滤方法，所述方法包括下列步骤：

i)截取引物合成时插入区域上的测序序列；

ii)按以下条件过滤测序片段，以获得符合条件的测序片段的甲基化单倍型：

a.去除C和G碱基转化频率都小于0.9的片段；b.去除C和G碱基转化频率都大于0.5的片段；c.去除被视为错误的序列；d.保留C碱基转化率小于0.2同时G碱基转化率大于0.8的测序片段；e.保留G碱基转化率小于0.2同时C碱基转化率大于0.8的测序片段；

iii)提取测序深度大于10的单倍型；

iiii)筛除C碱基的甲基化频率为空的单倍型。

2.根据权利要求1所述的设备，其特征在于，所述甲基化测序数据通过亚硫酸氢盐测序得到。

3.一种用于选取能够判断受试者是否患有癌症或者对于癌症患者进行分型的DNA甲基化单倍型的设备，其包括

处理器；

用于存储执行指令的存储器；

其中，所述处理器执行指令时，实现选取能够判断受试者是否患有癌症或者对于癌症患者进行分型的DNA甲基化单倍型的方法，所述方法包括如下步骤：

甲基化测序数据过滤步骤；

甲基化差异单倍型选择步骤；

甲基化差异单倍型训练步骤。

4.根据权利要求3所述的设备，其特征在于，所述甲基化测序数据过滤步骤包括：

i)截取引物合成时插入区域上的测序序列；

ii)按以下条件过滤测序片段，以获得符合条件的测序片段的甲基化单倍型：a.去除C和G碱基转化频率都小于0.9的片段；b.去除C和G碱基转化频率都大于0.5的片段；c.去除被视为错误的序列；d.保留C碱基转化率小于0.2同时G碱基转化率大于0.8的测序片段；e.保留G碱基转化率小于0.2同时C碱基转化率大于0.8的测序片段；

iii)提取测序深度大于10的单倍型；

iiii)筛除C碱基的甲基化频率为空的单倍型。

5.根据权利要求3所述的设备，其特征在于，所述甲基化差异单倍型选择步骤包括：

对完成所述甲基化测序数据过滤步骤的甲基化单倍型进行fisher检验，选择满足如下条件的不同分型的癌细胞特异的甲基化差异单倍型：

不同分型的癌细胞与正常白细胞中两两差异显著度p小于0.05，在癌细胞DNA浓度为1的样品中进行甲基化单倍型的差异比较，要求不同分型癌症样品的甲基化水平之比大于2或小于1/2，另外要求不同分型癌症样本与正常白细胞样本的甲基化水平之比均满足大于2或小于1/2；选择满足如下条件的白细胞特异的甲基化差异单倍型：在白细胞与不同分型癌症样本中的差异倍数大于3，且癌类样本的单倍型频率不低于0.0001；

创建以下线性模型并获得最低癌细胞DNA含量检出限：

i)以正常人白细胞特异的分别加上不同分型癌细胞特异的甲基化差异单倍型的丰度与癌细胞DNA浓度为变量的线性模型；

ii)以正常人白细胞特异的甲基化差异单倍型的丰度与正常白细胞DNA浓度为变量的线性模型。

6.根据权利要求3所述的设备，其特征在于，所述甲基化差异单倍型训练步骤包括：

检测不同分型癌组织样品与正常尿液样品之间及不同分型癌症样品之间的甲基化水平的差异，挑选三次t检验结果差异显著度p小于0.05的单倍型，并根据平均甲基化水平差值的对数为正或负来区分单倍型类别，并据此在组织样品和尿液样品中分别进行判断，计算所选取的甲基化差异单倍型区分癌症样品和正常人样品以及不同分型癌症样品的灵敏度和特异性。

7.根据权利要求3至6中任一项所述的设备，其特征在于，所述甲基化测序数据通过亚硫酸氢盐测序得到。

8.根据权利要求3至6中任一项所述的设备，其特征在于，所述样品为gDNA或cfDNA。