[发明专利]用于检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的组合物、方法和系统

说明书

本发明公开了用于检测MRSA，例如MRSA鼻腔定殖的组合物、方法和系统。在某些实施方案中，所述方法在对细菌和其他微生物的检测中使用基于噬菌体的信号放大来检测MRSA。所述用于检测MRSA的方法可以包括：制备测定物，所述测定物包含选择剂和包含至少两种不同类型的重组噬菌体的混合物；在所述测定物中孵育样品；俘获指示蛋白产物；并检测由所述重组噬菌体产生的指示蛋白产物，其中对所述指示蛋白产物的阳性检测指示MRSA存在于所述样品中。

相关申请的交叉引用

本申请要求于2020年4月30日提交的美国临时申请号63/018,081的优先权，该申请的全部内容通过引用并入本文。

技术领域

本公开涉及用于使用感染原检测耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(Methicillin-resistant Staphylococcus Aureus，MRSA)的组合物、方法和系统。

背景技术

在检测可以导致各种形式的令人虚弱的和致死性感染的细菌和其他微生物方面有强烈的兴趣。细菌病原体可以导致人类和家畜的大量发病，以及巨大的经济损失。具体来说，耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)是极重要的人类病原体，它有能力导致致死性感染。MRSA是医院中手术部位感染的主要原因，与患者住院时间较长、再住院率较高、生存率减小以及经济损失相关。因为对保健工业的严重临床和财政负担，已经付出了显著的努力来理解和控制MRSA相关感染的来源。已经发现MRSA的鼻腔滞菌是后续疾病的主要风险因素，并且大多数金黄色葡萄球菌感染可以匹配到内源性定殖株。通过对MRSA鼻腔滞菌的去定殖来消除此风险因素已经证明是减少手术部位感染的成功策略。

用于检测MRSA的传统微生物学测试依赖于非选择性和选择性富集培养，接着接种在选择性培养基上，进一步测试以确认来自患者鼻拭子标本的可疑菌落。基于培养的检测方法可以涉及使用生色的和选择性的琼脂并且经常证明在灵敏度和特异性方面有很强的性能。尽管经常比一些方法显著更廉价，但基于培养的方法的一个主要缺点是在检测前结果一般需要18-24小时的孵育。

各种各样的快速方法已经进行了研究并引入到实践中以减少测试时间。然而，这些方法也具有缺点。例如，涉及免疫测定或基因探针的技术通常需要富集步骤以获得适宜的灵敏度。聚合酶链式反应(PCR)测试还包括扩增步骤，并且因此能够获得非常高的灵敏度和选择性。利用实时PCR检测MRSA-特异性DNA序列已经证明具有优异的灵敏度和特异性、快速的结果获得时间以及总体临床有效性。尽管实时PCR已经产生了有希望的结果，但该方法也有缺点。首先，新一代实时PCR必须不断地进行开发以匹配不断改变的MRSA耐药性的遗传全景，因为以前的PCR已经导致一些测定不能检测新的MRSA株。其次，相对于基于培养的替代方案，实时PCR的高成本已经引起了关于成本-有效性的不确定性，特别是在流行病传播率低的地区。

因此，存在着对更快速的、简单的和灵敏的检测和鉴定MRSA的需求。

发明内容

本公开的实施方案包括用于检测MRSA鼻腔定殖的组合物、方法、设备、系统和试剂盒。本公开可以以各种各样的方式体现。

在一些实施方案中，本公开提供了一种检测样品中的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的方法。所述方法包括：获得样品；向所述样品中加入选择剂；使所述样品与包含一种或多种感染原的混合物(cocktail)接触，其中所述感染原包含指示基因并对金黄色葡萄球菌特异，并且其中所述指示基因编码指示蛋白产物；俘获所述指示蛋白产物；以及检测由所述指示蛋白产物产生的信号，其中对所述信号的检测用来确定所述样品中MRSA的存在。