[发明专利]一种用于评估蛋白质组还原烷基化效率的质控方法

说明书

本发明公开了一种用于评估蛋白质组还原烷基化效率的质控方法，包括以下步骤：（1）还原烷基化之前的任一步骤，在样品中加入含有至少两个半胱氨酸的多肽或蛋白标品，然后进行后续的操作至上机检测；（2）原始数据经软件分析后得到可鉴定肽段，分别找出该标品含有半胱氨酸的肽段以及不含半胱氨酸的肽段，标品还原烷基化率=（含半胱氨酸的肽段峰面积/不含半胱氨酸的肽段峰面积）*100%；（3）根据不同样品中标品还原烷基化率的差异，评估样品的还原烷基化效率。本发明方法可有效的对还原烷基化效率进行计算并标准化此步骤的质控方式，用于评估同批次不同样本间以及不同批次间还原烷基化的效率，进而辅助评判蛋白质组学的鉴定结果及数据分析。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体地，涉及一种用于评估蛋白质组还原烷基化效率的质控方法。

背景技术

蛋白质组学研究的意义重大，包括对疾病进行早筛分类、对预后进行预判、筛选药物靶点等。然而蛋白质组提取作为蛋白质组学研究中的关键一步，其提取的质量直接影响整个研究过程。

蛋白质组提取步骤包括样本裂解、提取蛋白、还原烷基化、酶解、除盐等，每个步骤对最终获得的肽段质量都至关重要，尤其还原烷基化如果不够充分，直接影响酶解效率，影响最终肽段的鉴定及定量。目前对于还原烷基化效率的判断依赖于对整体还原烷基化效率进行计算，计算方式为鉴定到的含有半胱氨酸的肽段种类数除以总肽段种类数，最终的结果不能反应含有半胱氨酸的肽段被还原烷基化的比例，因此不能区分整体烷基化效率的差异是样本本身属性还是实验操作所致。目前还没有成熟的系统和标准对还原烷基化实验操作进行质控。

发明内容

发明目的：为解决上述技术问题，本发明提供了一种用于评估蛋白质组还原烷基化效率的质控方法，可有效的对还原烷基化的效率进行评估。

技术方案：一种用于评估在质谱分析过程中蛋白质组还原烷基化效率的质控方法，包括以下步骤：

（1）还原烷基化之前的任一步骤，在样品中加入含有至少两个半胱氨酸的多肽或蛋白标品，然后进行后续的操作至上机检测；

（2）质谱原始数据经软件分析后得到可鉴定肽段，分别找出该标品含有半胱氨酸的肽段以及不含半胱氨酸的肽段，标品还原烷基化率=（含半胱氨酸的肽段峰面积/不含半胱氨酸的肽段峰面积）*100%；

（3）根据样品中标品还原烷基化率，评估样品的还原烷基化效率。

优选的，步骤（1）中，所述多肽或蛋白标品为合成的标准品，酶切后的肽段与样本内源性肽段没有重复。

优选的，步骤（1）中，所述多肽或蛋白标品可被特定蛋白酶酶切为至少两个肽段，其中一个至少含有两个半胱氨酸，一个不含有半胱氨酸。

优选的，步骤（1）中，所述后续的操作包括酶解、除盐和/或分离等。

优选的，步骤（2）中，所述软件为蛋白质组分析软件，例如选自Spectronaut软件。

优选的，步骤（3）中，所述评估样品的还原烷基化效率，可以评估同批次不同样本间或者不同批次间还原烷基化的效率。

有益效果：相对于现有技术，本发明提供一种用于评估蛋白质组还原烷基化效率的质控方法，可有效的对还原烷基化效率进行计算，通过在还原烷基化前加入含有至少两个半胱氨酸（Cysteine）的多肽或蛋白标品用于评估同批次不同样本间以及不同批次间还原烷基化的效率，进而辅助评判蛋白质组学的鉴定结果及数据分析。

具体实施方式

以下对本发明方案进行全面的描述，所述的实施案例是本发明中最优选实施方式，但本发明并不限于以下实施例。

实施例1

1、三个不同的细胞样本，如样本1、样本2、样本3，各分为一样的两份，作为组1和组2。