[发明专利]用于检测胎儿亚染色体畸变的母体血浆的组合的基于尺寸和基于计数的分析

权利要求书

1.计算机可读介质，其存储有多个指令，所述多个指令用于控制一个或多个处理器以执行通过分析来自怀有胎儿的雌性受试者的生物样品来识别胎儿的胎儿基因组中的亚染色体畸变的方法，所述生物样品包括来自雌性受试者和胎儿的无细胞DNA分子，所述方法包括：

对于所述生物样本中的多个DNA分子中的每一个：

识别所述DNA分子在参考基因组中的位置，从而得到所述多个DNA分子的位置；

对于参考基因组中的多个非重叠单元中的每一个：

使用所述多个DNA分子的位置来确定位于相应的非重叠单元中的多个DNA分子的相应量，

从所述相应量计算相应的单元计数参数，以及

将相应的单元计数参数与一个或多个单元计数阈值进行比较，以确定相应的非重叠单元的单元计数分类；

进行分割方法，其基于具有相同的单元计数分类的连续非重叠单元将连续非重叠单元合并为合并段；

将所述合并段的长度与长度阈值进行比较；

根据所述合并段的非重叠单元的单元计数参数或根据位于所述合并段的非重叠单元中的多个DNA分子的量来计算所述合并段的计数参数；

将所述计数参数与一个或多个偏差阈值进行比较以确定计数分类；以及

基于所述合并段的长度与所述长度阈值的比较和所述计数分类，确定所述胎儿在与所述合并段对应的亚染色体区域中是否具有所述畸变。

2.如权利要求1所述的计算机可读介质，其中所述分割方法包括二进制环形分割和隐马尔可夫模型中的至少一种。

3.计算机系统，包括：

根据权利要求1或2所述的计算机可读介质；和

用于执行存储在所述计算机可读介质上的指令的一个或多个处理器。

4.计算机系统，其包括用于执行通过分析来自怀有胎儿的雌性受试者的生物样品来识别胎儿的胎儿基因组中的亚染色体畸变的方法的装置，所述生物样品包括来自雌性受试者和胎儿的无细胞DNA分子，所述方法包括：

对于所述生物样本中的多个DNA分子中的每一个：

识别所述DNA分子在参考基因组中的位置，从而得到所述多个DNA分子的位置；

对于参考基因组中的多个非重叠单元中的每一个：

使用所述多个DNA分子的位置来确定位于相应的非重叠单元中的多个DNA分子的相应量，

从所述相应量计算相应的单元计数参数，以及

将相应的单元计数参数与一个或多个单元计数阈值进行比较，以确定相应的非非重叠单元的单元计数分类；

进行分割方法，其基于具有相同的单元计数分类的连续非重叠单元将连续非重叠单元合并为合并段；

将所述合并段的长度与长度阈值进行比较；

根据所述合并段的非重叠单元的单元计数参数或根据位于所述合并段的非重叠单元中的多个DNA分子的量来计算所述合并段的计数参数；

将所述计数参数与一个或多个偏差阈值进行比较以确定计数分类；以及

基于所述合并段的长度与所述长度阈值的比较和所述计数分类，确定所述胎儿在与所述合并段对应的亚染色体区域中是否具有所述畸变。