[发明专利]一种广谱病原微生物分析鉴定方法及系统

权利要求书

1.一种病原微生物鉴定方法，其特征在于，所述方法包括：

(1)对来源于宿主的待测样本进行宏基因组或宏转录组测序，以便获取测序数据；

(2)将所述测序数据去除宿主的测序数据，再进行物种注释，以便获取微生物结果列表数据1；

(3)将所述微生物结果列表数据1与预设背景微生物库进行比对，以便获得不在所述背景微生物库中的微生物结果列表数据以及在所述背景微生物库中且RPM比值符合预定阈值的微生物结果列表数据，以便获得微生物结果列表数据2；

(4)对所述微生物结果列表数据2进行覆盖区域数比较，以便获得符合预定阈值的微生物结果列表数据3；

(5)将所述微生物结果列表数据3与阴性对照和同批次其他样本中的微生物物种数据进行比对，保留所述微生物结果列表数据3中特有的微生物物种和分别与所述阴性对照和同批次其他样本中的微生物物种的RPM比值符合预定阈值的微生物数据，以便获得微生物结果列表数据4；

(6)将所述微生物结果列表数据4与病原感染临床数据库进行比对，以便获取符合条件的病原微生物种类。

2.根据权利要求1所述的病原微生物鉴定方法，其特征在于，所述预设背景微生物库通过以下方法获得：

1)将水样加入所述待测样本使用的实验平台和/或试剂盒中的样品管中，对多批次水样检测出的微生物种类进行分析；

2)步骤1)中所有批次的水样中出现频率超过50％的微生物种类作为所述实验平台和试剂盒的背景微生物，并计算所述出现频率超过50％的微生物种类出现批次的RPM平均值作为对应的RPM值，以便获得所述背景微生物库。

3.根据权利要求1所述的病原微生物鉴定方法，其特征在于，在所述步骤(3)中，所述RPM比值符合预定阈值为所述RPM比值＝1。

4.根据权利要求1所述的病原微生物鉴定方法，其特征在于，在所述步骤(4)中，不同微生物种类的覆盖区域数划分原则如下：

细菌参考基因组划分为100个区间；

病毒参考基因组划分为10个区间；

真菌和寄生虫参考基因组划分为1000个区间。

5.根据权利要求4所述的病原微生物鉴定方法，其特征在于，在所述步骤(4)中，针对细菌物种和真菌物种，所述覆盖区域数＝1为符合预定阈值的设定；

针对病毒物种，所述覆盖区域数＝3为符合预定阈值的设定；

针对寄生虫物种，所述覆盖区域数＝10为符合预定阈值的设定。

6.根据权利要求1所述的病原微生物鉴定方法，其特征在于，所述阴性对照为水样。

7.根据权利要求1所述的病原微生物鉴定方法，其特征在于，在所述步骤(5)中，对所述微生物结果列表数据3与所述阴性对照的RPM比值＝1的微生物物种进行保留。

8.根据权利要求1所述的病原微生物鉴定方法，其特征在于，在所述步骤(5)中，对所述微生物结果列表数据3与同批次其他样本中的菌种数据的RPM比值＝0.01的微生物物种进行保留。

9.根据权利要求1所述的病原微生物鉴定方法，其特征在于，所述病原感染临床数据库中含有临床上已知的病原感染微生物种类。

10.根据权利要求1所述的病原微生物鉴定方法，其特征在于，

所述RPM值通过以下方法获取：

RPM＝1000000*unique species reads/total reads

其中：unique species reads为唯一比对到此病原微生物的reads的数量；totalreads为用于进行病原微生物比对的所有reads的总数。