[发明专利]确定关于实体瘤微小残留病灶的检测参数的方法、设备和存储介质

说明书

本公开涉及一种用于确定关于实体瘤微小残留病灶的检测参数的方法、用于检测实体瘤微小残留病灶的方法、计算设备和存储介质。该方法包括：获取测试样本的MRD测序序列与参考基因组序列的比对结果信息；基于比对结果信息，确定突变位点的信息；基于突变位点的信息，确定关于MRD检测的阳性位点和阴性位点，以用于确定单个位点的敏感性和特异性；基于单个位点的敏感性和特异性，经由二项式分布算法，生成关于样本敏感性和样本特异性的集合；以及基于所生成的关于样本敏感性和样本特异性的集合和预定条件，确定关于MRD的监测位点数量推荐值和MRD阳性阈值推荐值。本公开能够准确地保证样本水平的最优敏感性和特异性以及二者的平衡。

技术领域

本公开总体上涉及生物信息处理，并且具体地，涉及用于确定检测实体瘤微小残留病灶的方法、用于检测实体瘤微小残留病灶的方法设备和存储介质。

背景技术

实体瘤微小残留病灶(Minimal Residual Disease，MRD)是指经过治疗后，传统影像学(包括PET/CT)或实验室方法不能发现，但通过液体活检发现的癌来源分子异常，代表着实体瘤的持续存在和临床进展可能。多项不同癌种和分期的实体瘤研究数据证实，肿瘤患者术后MRD与预后较为相关。

用于检测实体瘤微小残留病灶的方案例如主要包括肿瘤信息分析(Tumor-Informed Assays)方法和肿瘤无关分析(Tumor-Agnostic Assays)方法。其中，Tumor-Informed Assay方法具有灵敏度高，兼容性好，有效位点多等优势。在Tumor-InformedAssays方法中，通常需要先对肿瘤组织进行全外显子组(Whole Exome Sequencing，WES)测序，根据检出结果来选择变异位点进行后续的MRD监控等应用，然而选择多少变异位点进行监控，以及多少变异位点为阳性位点则判断为MRD阳性将严重影响检测的性能。应当理解，对于监控位点数量，选择更多的监控位点则敏感性越好，特异性越差；选择较少的监控位点，则敏感性越差、特异性越好；对于MRD阳性阈值，阈值越高，则敏感性越低、特异性越好；阈值越低，则敏感性越好、特异性越差。

传统的用于确定关于实体瘤微小残留病灶的检测参数(例如，选择变异位点的数量和MRD阳性阈值)的方法多是凭借个人经验，因此缺乏系统性，无法准确地保证样本水平的最优敏感性和特异性与平衡。

发明内容

本公开提供一种确定关于实体瘤微小残留病灶的检测参数的方法、用于检测实体瘤微小残留病灶的方法设备和存储介质，能够准确地保证样本水平的最优敏感性和特异性以及二者的平衡。

根据本公开的第一方面，提供了一种确定关于实体瘤微小残留病灶的检测参数的方法。该方法包括：获取待测样本的全MRD测序序列与参考基因组序列的比对结果信息；基于比对结果信息，确定突变位点的信息；基于突变位点的信息，确定关于实体瘤微小残留病灶(MRD)的阳性位点和阴性位点，以用于确定单个位点的敏感性和特异性；基于单个位点的敏感性和特异性，经由二项式分布算法，生成关于样本敏感性和样本特异性的集合；以及基于所生成的关于样本敏感性和样本特异性的集合和预定条件，确定关于MRD的监测位点数量推荐值和MRD阳性阈值推荐值。

根据本公开的第二方面，提供了一种用于检测实体瘤微小残留病灶的方法。该方法包括：获取待测样本的全外显子组测序序列与参考基因组序列的比对结果信息；基于比对结果信息，确定突变位点的信息；在突变位点中，选择数量为监测位点数量推荐值的突变位点作为用于实体瘤微小残留病灶(MRD)检测的监测位点；以及经由MRD检测，在监测位点中确定关于MRD的阳性位点；确定关于MRD的阳性位点的数量是否大于或者等于MRD阳性阈值推荐值，监测位点数量推荐值和MRD阳性阈值推荐值是基于权利要求1至8任一项的方法确定的；以及响应于确定关于MRD的阳性位点的数量大于或者等于MRD阳性阈值推荐值，确定待测样本为关于MRD的阳性样本。