[发明专利]一种评估多能干细胞质量的方法

权利要求书

1.一种评估多能干细胞质量的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

S1、对待测细胞进行序列测定，得到转录组表达谱系数据和全基因组序列数据；

S2、基于待测细胞的转录组表达谱系数据，进行基因的表达量统计，将基因的表达量统计结果分别进行多能性的分析、奇异性的分析以及与细胞表征值的分析，之后整合细胞多能性的分析、奇异性的分析以及与细胞表征值的分析的结果，得到细胞的质量分数1；基于待测细胞的全基因组序列数据进行全基因组的DNA变异分析；

S3、根据步骤S2所得的细胞的质量分数和全基因组的DNA变异分析结果，得到细胞质量分数2，来评价多能干细胞的细胞质量。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤S1中，所述基因表达量的统计还包括对转录组表达谱系数据进行数据分析与质控，将得到的数据与参考基因组进行比对的步骤。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述参考基因组为人类参考基因组。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤S1中，所述统计基因表达量的使用htseq-count软件和featurecount软件中的一种。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述整合细胞多能性的分析、奇异性的分析以及与细胞表征值的分析的结果采用以下公式：

C＝∑F_i-----------式三；

其中，公式一中F_i是细胞质量评价方面的分数，为评价多能性的分数，X_i是指某一细胞质量评价下计算得到的值，X_max是该细胞质量评价设计的最大的阈值，X_min是该细胞评价设计的最小的阈值，q代表细胞质量评价方面的个数；公式二中F_i是细胞质量评价方面，为奇异性和细胞表征值中的一种的评价分数，X_i是指某一细胞质量评价下计算得到的值，X_max是该细胞质量评价设计的最大的阈值，X_min是该细胞评价设计的最小的阈值，q代表细胞质量评价方面的个数；公式三中C代表细胞质量分数1。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤S2中，所述细胞表征值的获得包括从转录组表达谱系数据中获取相关细胞遗传稳定基因和细胞功能基因的表达量，统计计算基因的表达量与胚胎干细胞样本基因的表达量的基线偏离值。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述细胞功能基因包括胚胎干细胞表征基因和iPS细胞表征基因；所述胚胎干细胞表征基因包括SOX2、OCT4、NANOG、SSEA-4、TRA-1-60、TRA-1-81和SSEA-1；所述iPS细胞表征基因包括SSEA3、SSEA4、TRA-1-60、TRA-1-81、OCT4和NANOG。

8.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述细胞遗传稳定基因包括tert、TET1、TET3、Sirt1、CHK1、Oct4-endo、OCT4、Nanog和P53。

9.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤S3中，全基因组数据的处理还包括对全基因组数据进行数据分析与质控，将得到的数据与参考基因组进行比对的步骤。

10.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤S3中，所述全基因组的DNA变异分析包括点突变分析、插入缺失分析、拷贝数变异分析和大片段染色体变异分析。