[发明专利]一种预测肿瘤炎性小体活性状态及治疗敏感性的基因集系统及方法

说明书

一种预测肿瘤炎性小体活性状态及治疗敏感性的基因集系统及方法，属于炎性小体活性状态分析技术领域。该系统基于样本训练数据集和五个基因集建立预测模型，将肿瘤分成一类‑炎性小体活性^低‑IL1B^低、二类‑炎性小体活性^低‑IL1B^高、三类‑炎性小体活性^中‑CASP1^高、四类‑炎性小体活性^中‑IL18^高、五类‑炎性小体活性^高‑IL18^低和六类‑炎性小体活性^高‑IL18^高六种类型。并通过靶向治疗敏感性和免疫治疗敏感性分析，确定二类‑炎性小体活性^低‑IL1B^高为BRAF靶向药抵抗，而炎性小体活性状态越强的类型如五类‑炎性小体活性^高‑IL18^低和六类‑炎性小体活性^高‑IL18^高对于免疫治疗抵抗。

技术领域

本发明涉及一种预测肿瘤炎性小体活性状态及治疗敏感性的基因集系统及方法，其属于炎性小体活性状态分析技术领域。

背景技术

炎性小体是由多种蛋白质组成的复合体，分子量约700 Kda。炎性小体能够调节胱冬肽酶-1（caspase-1）的活化进而在天然免疫防御的过程中促进细胞因子前体pro-IL-1β和pro-IL-18的成熟和分泌。其还能调节caspase-1依赖的形式编程性细胞焦亡，诱导细胞在炎性和应激的病理条件下死亡。在现代医学中，肿瘤是致死的主要原因之一。在肿瘤发展过程中，大多数肿瘤出现炎性小体的激活。炎性小体活性增强可促进肿瘤增殖、血管形成、转移及免疫逃逸。在临床上，炎性小体的激活往往与肿瘤复发、耐药及不良预后密切相关。近年来的研究表明炎性小体的激活可通过重塑肿瘤细胞微环境，增强肿瘤细胞免疫抑制状态，从而导致耐药或免疫逃逸。可见，分析炎性小体的活性状态对于研究肿瘤细胞的生命活动具有重要的意义，然而，目前没有一种评估肿瘤炎性小体活性的方法。

发明内容

为了解决现有技术中存在的问题，本发明提供一种预测肿瘤炎性小体活性状态及治疗敏感性的基因集系统及方法。

为实现发明目的，本发明采用如下技术方案：一种预测肿瘤炎性小体活性状态及治疗敏感性的基因集，所述基因集为炎性小体活性相关基因集IRGs，炎性小体活性相关基因集IRGs包含15个炎症小体核心基因、34个CASP1调控基因、92个IL1B调控基因、8个IL18调节基因、13个GSDMD调节基因五个基因集。

所述15个炎症小体核心基因包含NLRP1、NLRP3、CASP4、CASP5、NLRC5、NLRP6、NLRP12、NLRP7、NAIP、NLRC4、AIM2、IFI16、MEFV、NLRP2和PYCARD十五个基因。

所述34个CASP1调控基因包含TMEM260、TIFA、LSM4、CERS2、PLCG2、FAM219A、LAMTOR3、KLF11、CTSH、CAPZA2、ACTL6A、C10orf11、KLRB1、UBR1、PPP1R12B、ZNF512B、FARP2、PPIP5K1、PHKA1、BACE1、MRPS27、TRAPPC12、TAS1R3、CD247、CYBRD1、PCED1A、AP5M1、RMDN1、FBXO31、BLOC1S6、ATP10D、FMO1、FKBP5和NNT三十四个基因。