[发明专利]一种CRISPR目标区间变异检测的分析方法

权利要求书

1.一种CRISPR目标区间变异检测的分析方法，其特征在于，包括下列步骤：

1)将高质量测序数据使用flash软件将两条reads按照overlap进行合并，再使用cd_hit软件进行聚类，获得聚类结果与每一类代表性序列；

2)使用mafft软件将聚类的代表性序列与目标区间进行序列的多重比对，扫描目标区间，根据扫描结果查找出突变；

3)根据步骤2)中找出的突变进行分类，再结合步骤1)中的聚类结果中每一个cluster的reads数除以总聚类的reads数，得到每个cluster条目对应分类的突变率；

4)将步骤1)中的聚类结果的reads数与步骤2)中的扫描结果统计每种cluster的丰度，然后结合步骤3)中突变率，筛选，获得分析结果。

2.如权利要求1所述的一种CRISPR目标区间变异检测的分析方法，其特征在于：

步骤1)中的所述聚类为当长序列包含短序列时把短序列归为长序列。

3.如权利要求1所述的一种CRISPR目标区间变异检测的分析方法，其特征在于，所述步骤1)中高质量测序数据获得方法：

将原始二代下机数据按照barcode拆分成单个样本的fastq文件，将得到的所述fastq文件使用fastp软件过滤去接头处理得到高质量测序数据。

4.如权利要求1所述的一种CRISPR目标区间变异检测的分析方法，其特征在于：所述步骤1)中高质量测序数据使用flash软件将两条reads根据overlap合并成一条长reads；将得到的所述长reads的fastq文件转化为fasta格式的文件，使用cd-hit软件对转化后的所述fasta格式的文件内序列进行聚类，所述聚类结果为各个cluster的reads数以及各个cluster的代表性序列。

5.如权利要求1所述的一种CRISPR目标区间变异检测的分析方法，其特征在于：使用mafft软件将聚类结果中的各个cluster的代表性序列与目标区间进行序列进行两两比对。

6.如权利要求1所述的一种CRISPR目标区间变异检测的分析方法，其特征在于：

所述步骤4)中筛选为筛选高频cluster与目标区间高频的突变位点。