[发明专利]免疫状态评估方法及应用有效
| 申请号: | 202011262746.1 | 申请日: | 2020-11-12 |
| 公开(公告)号: | CN112331344B | 公开(公告)日: | 2021-08-03 |
| 发明(设计)人: | 林莉娅;王谢 | 申请(专利权)人: | 深圳泛因医学有限公司 |
| 主分类号: | G16H50/30 | 分类号: | G16H50/30;G16B20/00 |
| 代理公司: | 广州新诺专利商标事务所有限公司 44100 | 代理人: | 李海恬;刘杉 |
| 地址: | 518083 广东省深圳市盐田区盐田街*** | 国省代码: | 广东;44 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 免疫 状态 评估 方法 应用 | ||
1.一种用于非诊断治疗目的的免疫状态评估方法,其特征在于,包括:
免疫组库分析:取待评估目标的生物样本,提取其中基因组DNA或RNA,构建免疫组库文库;进行高通量测序,分析TCR和/或BCR的克隆多样性,获得免疫组库指标值;
免疫功能分析:取待评估目标的血液样本,分为对照样本和刺激样本,取所述刺激样本,加入刺激物,使刺激样本中免疫细胞产生免疫应答反应,随后分别检测对照样本和刺激样本中免疫组分在刺激前后的表达差异,分析得到免疫功能得分;
数据分析:综合免疫组库分析结果和免疫功能分析结果,获得待评估目标的免疫年龄,根据所述免疫年龄、免疫功能得分和免疫组库指标值,获得待评估目标的免疫状态;
按照下述方法计算得到免疫年龄:
式中:V1为免疫组库指标值,m为指标数量,W1为免疫组库各指标相应的权重,V2为免疫功能得分,n为指标数量,W2为免疫功能各指标相应的权重,β为免疫组库所占比重;
所述免疫组库指标包括:VJ基因使用多样性,免疫多样性,免疫细胞种类和免疫细胞均一性中的至少一种;
所述VJ基因使用多样性通过以下方法计算:对免疫组库分析得到的TCR和/或BCR中所有V-J配对及其频率求香浓指数,即为VJ基因使用多样性值;
所述免疫多样性通过以下方法计算:对免疫组库分析得到的所有TCR和/或BCR克隆以及频率求香浓指数,即为免疫多样性值;
所述免疫细胞种类通过以下方法计算:以免疫组库分析得到的所有TCR和/或BCR克隆种类数为免疫细胞种类值;
所述免疫细胞均一性通过以下方法计算:对免疫组库分析得到的所有TCR和/或BCR克隆以及频率求求基尼指数,即为免疫细胞均一性值。
2.根据权利要求1所述的用于非诊断治疗目的的免疫状态评估方法,其特征在于,所述免疫功能分析步骤中,所述免疫组分为根据免疫细胞分型所得到的各免疫细胞的mRNA,分别提取所述对照样本和刺激样本中的RNA,构建RNA-seq文库,进行高通量测序,获得对照样本和刺激样本中各种类型的免疫细胞刺激前后mRNA的表达差异。
3.根据权利要求1所述的用于非诊断治疗目的的免疫状态评估方法,其特征在于,所述免疫功能分析步骤中,将每一种免疫组分定义为一种免疫分子,按照下述公式计算每一免疫分子的归一化值:
归一化值=x-最小值/(最大值-最小值)
式中:x为待评估目标的免疫分子的表达值;
最小值为在群体样本中,该免疫分子表达量的最小值;
最大值为在群体样本中,该免疫分子表达量的最大值;
再根据刺激类型,按照如下公式,计算该刺激相关的免疫功能得分:
式中:n为该刺激类型下统计的免疫分子数量,g为免疫分子i经过上述归一化后的归一化值,α为权重。
4.根据权利要求3所述的用于非诊断治疗目的的免疫状态评估方法,其特征在于,α通过以下方法得到:以健康群体样本中某免疫分子经过刺激前后得到归一化值的比值与真实年龄的相关性系数或者线性拟合值,作为该指标的权重。
5.根据权利要求3所述的用于非诊断治疗目的的免疫状态评估方法,其特征在于,所述刺激类型指:模拟细菌相关刺激,病毒相关刺激,T细胞活化刺激中的至少一种。
6.根据权利要求4所述的用于非诊断治疗目的的免疫状态评估方法,其特征在于,所述免疫分子包括:IL1B、IL6、CXCL8、CCL19、CCL20、CD14、CD36、IL12B、MAPK3、RPS6KA1、CCL24、TLR1、MAPKAPK3、TLR6、ZBTB7B、IL23A、TLR9、SIGIRR、LOXL3、PELI3、IL27、AHR、CD86、DUSP7、NCKAP1、IFNB1、IL10、IL12A、IRF7、MEF2C、MAP2K6、RELA、STAT5A、TLR3、IL22、IL17F、TIRAP、CXCL10、IRF4、XCL1、RIPK2、TWSG1、NLRP3、FOS、IFNG、IL13、SOCS1、VSIR、JAML和DUSP4中的至少一种。
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