[发明专利]一种分子动力学软件的安装方法、装置、设备及可读介质有效

专利信息
申请号: 202011026277.3 申请日: 2020-09-25
公开(公告)号: CN112015440B 公开(公告)日: 2023-04-25
发明(设计)人: 王倩;刘羽 申请(专利权)人: 苏州浪潮智能科技有限公司
主分类号: G06F8/61 分类号: G06F8/61;G06F8/41;G06F8/71
代理公司: 北京连和连知识产权代理有限公司 11278 代理人: 刘小峰;张涛
地址: 215100 江苏省苏州市吴*** 国省代码: 江苏;32
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摘要:
搜索关键词: 一种 分子 动力学 软件 安装 方法 装置 设备 可读 介质
【权利要求书】:

1.一种分子动力学软件的安装方法,其特征在于,包括以下步骤:

检测超算集群硬件架构并记录硬件信息,以及检测计算集群软件环境并记录软件信息;

获取用户需求信息,根据所述需求信息判断是否依赖MPI并行模式和是否需要第三方数学库,并根据所述判断结果选择分子动力学软件,其进一步包括:

若是不依赖MPI并行模式且不需要第三方数学库,安装NAMD软件;

若是依赖MPI并行模式且不需要第三方数学库,安装GROMACS软件;

若是依赖MPI并行模式且需要第三方数学库,安装CP2K软件;以及

基于所述硬件信息、软件信息安装选择的所述分子动力学软件;

其中,检测超算集群硬件架构并记录硬件信息包括:

检测超算集群硬件架构并记录硬件信息包括:

通过lscpu指令搜索超算集群的CPU处理器类型和版本,并查阅系统日志以确定CPU计算节点数量;

通过nvidia-smi工具搜索集群配置的GPU设备,记录GPU显卡数量和显卡的计算能力;

通过MPI工具搜索CPU节点间网络互联类型,并记录其版本;

检测计算集群软件环境并记录软件信息包括:

通过关键词搜索已安装的编译器类型、版本和安装路径;

通过关键词搜索MPI并行软件的版本和安装路径;

通过关键词搜索基础线性代数库的配置信息,若是缺少必要第三方数学库,根据工具包提供的地址下载缺少的所述必要第三方数学库。

2.根据权利要求1所述的分子动力学软件的安装方法,其特征在于,基于所述硬件信息、软件信息安装选择的所述分子动力学软件包括:

基于所述硬件信息判断CPU节点数量、是否包含GPU加速设备、网络类型、以及是否载入Multi-copy算法;

根据所述判断结果下载并安装对应版本的NAMD软件。

3.根据权利要求1所述的分子动力学软件的安装方法,其特征在于,基于所述硬件信息、软件信息安装选择的所述分子动力学软件包括:

基于所述软件信息判断编译器版本是否低于预设版本,若是编译器版本低于预设版本,下载并安装预设版本的所述编译器;

基于所述硬件信息检测是否存在GPU设备,若是存在GPU设备,将所述GPU关闭;

选取并行模式并配置数学库,下载并安装GROMACS软件。

4.根据权利要求1所述的分子动力学软件的安装方法,其特征在于,基于所述硬件信息、软件信息安装选择的所述分子动力学软件包括:

基于所述软件信息判断编译器版本是否低于预设版本,若是编译器版本低于预设版本,下载并安装预设版本的所述编译器;

选择编译器并将第三方数学库路径添加到环境变量,下载并安装CP2K软件。

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