[发明专利]一种分子动力学软件的安装方法、装置、设备及可读介质有效
申请号: | 202011026277.3 | 申请日: | 2020-09-25 |
公开(公告)号: | CN112015440B | 公开(公告)日: | 2023-04-25 |
发明(设计)人: | 王倩;刘羽 | 申请(专利权)人: | 苏州浪潮智能科技有限公司 |
主分类号: | G06F8/61 | 分类号: | G06F8/61;G06F8/41;G06F8/71 |
代理公司: | 北京连和连知识产权代理有限公司 11278 | 代理人: | 刘小峰;张涛 |
地址: | 215100 江苏省苏州市吴*** | 国省代码: | 江苏;32 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 分子 动力学 软件 安装 方法 装置 设备 可读 介质 | ||
1.一种分子动力学软件的安装方法,其特征在于,包括以下步骤:
检测超算集群硬件架构并记录硬件信息,以及检测计算集群软件环境并记录软件信息;
获取用户需求信息,根据所述需求信息判断是否依赖MPI并行模式和是否需要第三方数学库,并根据所述判断结果选择分子动力学软件,其进一步包括:
若是不依赖MPI并行模式且不需要第三方数学库,安装NAMD软件;
若是依赖MPI并行模式且不需要第三方数学库,安装GROMACS软件;
若是依赖MPI并行模式且需要第三方数学库,安装CP2K软件;以及
基于所述硬件信息、软件信息安装选择的所述分子动力学软件;
其中,检测超算集群硬件架构并记录硬件信息包括:
检测超算集群硬件架构并记录硬件信息包括:
通过lscpu指令搜索超算集群的CPU处理器类型和版本,并查阅系统日志以确定CPU计算节点数量;
通过nvidia-smi工具搜索集群配置的GPU设备,记录GPU显卡数量和显卡的计算能力;
通过MPI工具搜索CPU节点间网络互联类型,并记录其版本;
检测计算集群软件环境并记录软件信息包括:
通过关键词搜索已安装的编译器类型、版本和安装路径;
通过关键词搜索MPI并行软件的版本和安装路径;
通过关键词搜索基础线性代数库的配置信息,若是缺少必要第三方数学库,根据工具包提供的地址下载缺少的所述必要第三方数学库。
2.根据权利要求1所述的分子动力学软件的安装方法,其特征在于,基于所述硬件信息、软件信息安装选择的所述分子动力学软件包括:
基于所述硬件信息判断CPU节点数量、是否包含GPU加速设备、网络类型、以及是否载入Multi-copy算法;
根据所述判断结果下载并安装对应版本的NAMD软件。
3.根据权利要求1所述的分子动力学软件的安装方法,其特征在于,基于所述硬件信息、软件信息安装选择的所述分子动力学软件包括:
基于所述软件信息判断编译器版本是否低于预设版本,若是编译器版本低于预设版本,下载并安装预设版本的所述编译器;
基于所述硬件信息检测是否存在GPU设备,若是存在GPU设备,将所述GPU关闭;
选取并行模式并配置数学库,下载并安装GROMACS软件。
4.根据权利要求1所述的分子动力学软件的安装方法,其特征在于,基于所述硬件信息、软件信息安装选择的所述分子动力学软件包括:
基于所述软件信息判断编译器版本是否低于预设版本,若是编译器版本低于预设版本,下载并安装预设版本的所述编译器;
选择编译器并将第三方数学库路径添加到环境变量,下载并安装CP2K软件。
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