[发明专利]人测序样品追踪标记物、人测序样品交叉污染的监控方法及监控装置有效
申请号: | 202010873958.7 | 申请日: | 2020-08-26 |
公开(公告)号: | CN111944807B | 公开(公告)日: | 2022-09-09 |
发明(设计)人: | 姚佳玥;刘文彬;李艳萍;许洪柱;高长欣;吴国营 | 申请(专利权)人: | 天津诺禾医学检验所有限公司 |
主分类号: | C12N15/11 | 分类号: | C12N15/11;C12Q1/6869;G16B20/20;G16B20/30;G16B5/00 |
代理公司: | 北京康信知识产权代理有限责任公司 11240 | 代理人: | 梁文惠 |
地址: | 301700 天津市*** | 国省代码: | 天津;12 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 人测序 样品 追踪 标记 交叉 污染 监控 方法 装置 | ||
1.一种人测序样品交叉污染的监控方法,其特征在于,包括以下步骤:
向待测样品中加入人测序样品追踪标记物,所述标记物的序列来源于詹氏甲烷球菌Methanococcus jannaschii,且与人类参考基因组序列比对结果无匹配;所述标记物的序列长度为60bp~90bp;所述标记物包括多条序列,多条所述序列之间互不相同;
对所述待测样品进行测序,并进行标记物数据分析;
根据所述标记物数据分析监控人测序样品交叉污染的情况;
所述监控方法还包括:根据人类单核苷酸多态性的等位基因比率建立交叉污染模型,并通过所述交叉污染模型监测人测序样品交叉污染情况;
所述根据人类单核苷酸多态性的等位基因比率建立交叉污染模型,并通过所述交叉污染模型监测人测序样品交叉污染情况包括:
采用人类样本样品的全外显子测序数据进行建模,基于全外显子测序数据的单核苷酸变异分析结果计算每个单核苷酸变异位点的MAF值,取所有覆盖深度在30X~500X的单核苷酸变异位点的MAF值,设定预定的区间长度,统计每个取值区间的频率,绘制MAF的密度分布曲线,根据MAF的密度分布图,确定曲线峰值对应的横坐标,即候选的MAF值,根据预设的判定规则估算污染率;
所述预设的判定规则包括:
若只有1个候选MAF值,当所述候选MAF值小于0.25时,两倍候选MAF值为污染率估算值,否则所述候选MAF值为污染率预估值;
若有两个及以上的MAF值时,如果存在候选MAF值是另外一个候选MAF值的2/0.9~2/1.1倍,则该候选MAF值为污染率预估值;如果存在两个候选MAF值之和为0.475~0.525,则较小的候选MAF值的两倍为污染率预估值;如果存在一个候选MAF值的一半与另外一个候选MAF值之和为0.475~0.525,则该候选MAF值为污染率预估值;
当候选MAF值不符合以上两种情况时:若最大的候选MAF值大于0.45则将其取出,剩余的候选MAF取出最大值,若最大值小于0.25,则它的两倍是污染率预估值,否则它本身为污染率预估值;
若污染率预估值大于0.03则认为是交叉污染样品,否则为正常样品。
2.根据权利要求1所述的监控方法,其特征在于,所述预定的区间长度为0.01~0.02。
3.根据权利要求2所述的监控方法,其特征在于,所述预定的区间长度为0.01。
4.根据权利要求1所述的监控方法,其特征在于,所述标记物的序列长度为80bp。
5.根据权利要求1所述的监控方法,其特征在于,所述人测序样品追踪标记物采用HPLC纯化得到,且经过Sanger测序验证序列精确度。
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