[发明专利]水牛ASIP基因插入突变及其分子鉴定方法和应用

说明书

本发明提供了水牛ASIP基因插入突变及其分子鉴定方法和应用。本发明以中国水牛为资源群体，利用全基因组测序、转录组测序、RACE扩增以及Nanopore三代测序等技术手段，通过基因定位、致因突变挖掘，发现ASIP基因上游LINE‑1转座子插入2825bp序列导致水牛白毛色性状，本发明设计了2对特异性引物对实现了对该突变的检测，并能快速准确对水牛白毛色基因进行基因分型，可以在个体牛犊出生即可检测基因型，加快育种进程，节省饲养成本，在水牛种质资源的保护和遗传改良中具有良好应用前景。

技术领域

本发明属于动物育种、遗传学与分子生物学技术领域，具体地说，涉及水牛ASIP基因插入突变、与水牛白毛色表型相关的分子标记及分子鉴定方法与应用。

背景技术

家养水牛是一种适应热带、亚热带气候，具有很多生物学特性的家养动物，广泛分布于南亚、东南亚和我国长江流域及其以南地区。家养水牛分为两种主要类型——河流型和沼泽型，我国以沼泽型水牛为主。沼泽型水牛典型毛色为黑色或瓦灰色，少数为白色，但在一些核心产区，例如贵州省遵义，以白毛色命名的贵州白水牛在当地较为常见，深受农民喜爱，是我国畜禽资源宝库中的特色品种。到目前为止，国内外尚未见报道水牛白毛色形成的分子机制及准确分型的方法。

水牛白毛色性状基因定位和机理研究，不仅有助于揭示被毛着色的分子机制，丰富人们对毛色形成机理的认识，还可以开发水牛毛色特征的分子标记，用于品种纯度判定和标记辅助选择，为中国水牛的保护和选育利用提供科学手段。申请人前期报道了与水牛白毛色性状相关的SNP分子标记，为了丰富人们选育白毛色水牛的方法，开发更多相关度更高的分子标记，通过基因型检测用于早期快速鉴别白毛色水牛的纯合子和杂合子，申请人开展了本发明的研发。

发明内容

本发明的目的是提供水牛ASIP基因插入突变、检测该突变的分子鉴定方法与应用。

为实现本发明的目的，本发明以中国水牛为资源群体，利用全基因组测序、转录组测序、RACE扩增以及Nanopore三代测序等技术手段，通过基因定位、致因突变挖掘，发现ASIP基因上游LINE-1转座子插入2825bp片段导致水牛白毛色性状，在此基础上设计了PCR分型方法。

本发明首先提供了水牛ASIP基因插入突变，所述ASIP基因插入突变相对于水牛野生型ASIP基因的DNA序列，包含在ASIP基因上游LINE-1转座子插入2825bp的片段，所述片段的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示。

具体而言，是在水牛基因组版本(GCF_003121395.1_UOA_WB_1)第14染色体上，从第19,996,806位碱基处，插入2825bp的序列，该序列如SEQ ID NO.7所示。实验发现ASIP基因LINE-1转座子插入突变可解释水牛白毛色100％的变异，且为显性遗传模式，该突变的纯合子和杂合子均为白毛色。

本发明提供了水牛ASIP基因插入突变在培育白毛水牛中的应用。

本发明还提供了与水牛白毛色性状相关的Indel分子标记，其为ASIP基因上游LINE-1转座子插入的2825bp片段，该片段核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示。

本发明提供了检测所述的Indel分子标记的引物组合。

所述引物组合含有引物对1和引物对2，所述引物对1的两条引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3-4所示，所述引物对2的两条引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.5-6所示。

含有上述的引物组合的试剂盒属于本发明的保护范围。

本发明提供了检测所述Indel分子标记的试剂或上述引物组合或上述试剂盒在水牛育种、遗传改良或标记辅助选择中的应用。

本发明提供了检测所述Indel分子标记的试剂或上述引物组合或上述试剂盒在鉴定白毛水牛或黑色水牛中的应用。