[发明专利]用于检测NTRK融合蛋白的组织化学和细胞化学方法

说明书

本公开提供用于经由亲和染色来检测NTRK重排情况的材料和方法。用与TrkA、TrkB和/或TrkC的保留部分结合的生物标志物特异性试剂(例如抗体)对样品进行染色。评估染色模式，并且通过检测所述样品是否具有至少阈值数量的具有阈值染色强度的细胞来确定Trk融合的存在情况。在一些情况下，无论染色定位模式如何，均应用相同的评定方法。在其他情况下，细胞质定位和/或膜定位由第一方法评定，而核定位由第二方法评定。本文所公开的方法可应用于所有非内分泌实体肿瘤类型。

相关专利申请的交叉引用

本申请要求于2018年9月13日提交的题为HISTOCHEMICAL AND CYTOCHEMICALMETHODS FOR DETECTING NTRK FUSION PROTEINS的美国临时专利申请号62/731,032的权益，其内容通过引用整体并入本文。

通过引用并入序列表

本申请在此通过引用并入以计算机可读格式随本文提交的序列表，该序列表具有文件名“P35023-WO PCT FLING SEQUENCE LISTING”，创建于2019年9月9日，大小为21,260字节。

技术领域

除其他外，本公开涉及用于融合蛋白的组织化学和细胞化学检测的方法，该融合蛋白涉及NTRK基因产物；可用于此类方法中的材料、试剂盒和系统；以及执行此类方法所产生的产品。

背景技术

神经营养酪氨酸受体激酶(NTRK1、NTRK2和NTRK3)为编码受体酪氨酸激酶蛋白(TRKA、TRKB和TRKC)的基因家族，其在中枢和外周神经系统的发育和成熟过程中发挥作用(Barbacid I、Barbacid II、LemmonSchlessinger和Klein)。在癌症中，三种NTRK基因中的一种的完整激酶结构域可以与各种上游配偶体(例如ETV6、LMNA、TPM3)融合，其使用促进二聚化的结构基序取代TRK蛋白的配体结合结构域(Eide,Luberg,Vaishnavi)。这导致TRK信号传导的组成性激活和不受检查的增殖，从而引发融合蛋白的表达。

NTRK基因融合在某些罕见肿瘤中具有特殊病征，诸如婴儿纤维肉瘤、先天性中胚叶肾瘤、分泌性乳腺癌和唾液腺分泌性癌(MASC)(Argani,Bishop,Bourgeois,Rubin,Tognon)。相反地，NTRK基因融合很少发生在各种成人和儿童实体瘤中，该实体瘤包括但不限于：阑尾癌、乳腺癌、胆管癌、结直肠癌(CRC)、GIST、肺癌、黑素瘤、胰腺癌、甲状腺癌和多种肉瘤(DeBraud,Brzezianska,Fernandez-Cuesta,Leeman-Neill,Ross)。鉴定NTRK基因融合具有重要的临床意义，因为当前正在开发的小分子抑制剂可用于治疗具有NTRK基因融合的实体瘤(VaishnaviDe Braud)。

迄今为止，由于不同方法的特异性和敏感性不一致，对于肿瘤中NTRK融合的检测没有黄金标准。当前的检测方法包括荧光原位杂交(FISH)、原位杂交(ISH)、下一代测序(NGS)和免疫组织化学(IHC)。FISH和ISH测定的优化和枚举/解释可能是困难的。NGS具有高度特异性，但缺乏敏感性。相反，IHC可具有高度敏感性，但其检测蛋白质表达而非检测实际融合的存在。另外，由于一些肿瘤(即神经内分泌肿瘤和GIST)中的野生型TRK蛋白的内源性存在，对融合产物的IHC测定进行优化，继而开发特定的评定算法以选择此融合产物，可能具有挑战性。

发明内容

本公开涉及用于鉴定由TRK融合蛋白驱动的非神经内分泌肿瘤的方法。