[发明专利]新型基因分类器及其在自身免疫性疾病中的用途

说明书

本文公开了在疑似患有自身免疫性病症的受试者中检测改变的基因表达水平的方法。本文进一步描述了在具有表现出改变的基因表达水平的受试者中治疗自身免疫性病症的方法。

交叉引用

本申请要求于2018年5月9日提交的美国临时申请号62/669,297的权益，该申请通过引用以其全文并入于此。

背景技术

皮肤病是人类最常见的疾病之一，并且对全球医疗保健造成重要负担。三种皮肤病是全球十大最流行疾病，并且八种进入前50位。如果综合考虑，皮肤病况是导致多年残疾的第二至第十一大原因。

发明内容

在某些实施方案中，本文公开了基于分子风险因素检测自身免疫性疾病的存在的方法。在一些情况下，本文描述了基于分子风险因素检测银屑病、狼疮或特应性皮炎的存在的方法。在一些情况下，本文还描述了基于分子风险因素监测自身免疫性疾病(例如，银屑病、狼疮或特应性皮炎)的进展的方法。

在某些实施方案中，本文公开了在疑似患有银屑病的受试者中检测IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A中至少两个的基因表达水平的方法，包括：(a)从获自所述受试者的皮肤样品中分离核酸，其中所述皮肤样品包括来自角质层的细胞；以及(b)通过使所述分离的核酸与一组探针接触，检测IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A中至少两个的表达水平，所述一组探针识别IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A中的至少两个，并检测IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A中的至少两个与所述一组探针之间的结合。

在某些实施方案中，本文公开了在疑似患有银屑病的受试者中检测来自第一基因分类器和第二基因分类器的基因表达水平的方法，包括：(a)从获自所述受试者的皮肤样品中分离核酸，其中所述皮肤样品包括来自角质层的细胞；(b)通过使所述分离的核酸与一组探针接触，检测来自所述第一基因分类器：IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A的一个或多个基因的表达水平，所述一组探针识别来自所述第一基因分类器的一个或多个基因，并检测来自所述第一基因分类器的一个或多个基因与所述一组探针之间的结合；以及(c)通过使所述分离的核酸与额外的一组探针接触，检测来自所述第二基因分类器：IL-17C、S100A7、IL-17RA、IL-17RC、IL-23A、IL-22、IL-26、IL-24、IL-6、CXCL1、IFN-γ、IL-31、IL-33、TNFα、LCN2、CCL20和TNFRSF1A的一个或多个基因的表达水平，所述额外的一组探针识别来自所述第二基因分类器的一个或多个基因，并检测来自所述第二基因分类器的一个或多个基因与所述额外的一组探针之间的结合。

在某些实施方案中，本文公开了用TNFα、IL-17A或IL-23的抑制剂治疗受试者的方法，其中所述受试者患有银屑病，所述方法包括以下步骤：通过从包括来自角质层的细胞的皮肤样品中分离核酸，并通过使所述分离的核酸与一组探针接触，对所述皮肤样品进行或已进行了表达分析，所述一组探针识别IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A中的至少两个，并检测IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A中的至少两个与所述一组探针之间的结合，从而确定所述受试者的基因表达水平是否改变；以及如果所述受试者的IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A中的至少两个的基因表达水平改变，则向所述受试者施用TNFα、IL-17A或IL-23的抑制剂或提高采用所述抑制剂的治疗的水平；以及如果所述受试者的IL-17A、IL-17F、IL-8、CXCL5、S100A9和DEFB4A中的至少两个的基因表达水平没有改变，则不施用所述抑制剂或终止所述抑制剂的治疗。