[发明专利]识别核酸中的碱基的方法和系统

权利要求书

1.一种识别核酸中的一个或多个碱基的方法，该方法通过检测获自测序的图像，其特征在于，包括：

将对应于模板的亮斑集合中的每个亮斑的坐标映射到待检图像上，确定待检图像上相应坐标的位置；

确定所述待检图像上相应坐标的位置的信号的强度，所述强度为矫正后的强度；以及

比较所述待检图像上相应坐标的位置的信号的强度与第一预设值的大小，基于比较结果判断该位置对应的碱基类型，实现所述碱基识别；

所述对应于模板的亮斑集合基于一组图像构建获得，所述一组图像中的每个图像均包含多个亮斑，

所述一组图像和所述待检图像均来自测序且对应一个相同的视野，所述测序包括加入核苷酸，

所述测序包括多轮测序，所述一组图像来自至少一轮测序，至少一部分所述信号在所述一组图像上表现为至少一部分所述亮斑。

2.权利要求1的方法，其特征在于，进行所述测序时，加入四种核苷酸，该四种核苷酸带有不同的标记，所述不同的标记被激发发出不同颜色的信号，构建所述对应于模板的亮斑集合包括：

顺序或者同时加入四种核苷酸至反应体系中进行一轮测序，获得所述一组图像，所述一组图像包括第一图像、第二图像、第三图像和第四图像，所述第一图像、第二图像、第三图像和第四图像分别采集自同一视野的四种核苷酸的反应信号，所述反应体系包括所述模板和聚合酶；

分别对第一图像、第二图像、第三图像和第四图像进行亮斑检测，确定各个图像的亮斑；

对齐所述一组图像；

合并对齐后的一组图像上的亮斑，获得一级亮斑集合；

依据所述一级亮斑集合，建立分别对应于四种核苷酸的亮斑集合；

任选地，同时加入四种核苷酸至所述反应体系中，利用成像系统采集所述信号以获得所述一组图像和/或所述待测图像，所述成像系统包括第一激光、第二激光、第一相机和第二相机；

任选地，所述模板为DNA，所述四种核苷酸分别带有第一标记、第二标记、第三标记和第四标记，在所述一轮测序中，

开启第一激光激发所述核苷酸，所述四种核苷酸中的两种分别发出第一信号和第二信号，所述第一相机和第二相机同步作业以分别采集所述第一信号和所述第二信号，获得第一图像和第二图像，

开启第二激光激发所述核苷酸，所述四种核苷酸中的另外两种核苷酸分别发出第三信号和第四信号，所述第一相机和第二相机同步作业以分别采集所述第三信号和所述第四信号，获得第三图像和第四图像。

3.权利要求2的方法，其特征在于，所述亮斑检测包括利用k1*k2矩阵对所述一组图像中的各个图像进行检测，包括，

判定中心强度与边缘强度的关系midS满足第一预设条件的矩阵对应一个所述亮斑，所述中心强度反映所述矩阵的中心区域的强度，所述边缘强度反映所述矩阵的边缘区域的强度，所述中心区域和所述边缘区域构成所述矩阵，k1和k2均为大于1的自然数，k1*k2矩阵包含k1*k2个像素；

任选地，k1等于k2；

任选地，k1和k2均为大于1的奇数；

任选地，k1和k2均为大于3的奇数，所述中心区域为以所述矩阵的中心像素为中心的3*3区域；

任选地，所述第一预设条件为midS≥S1，

midS＝midInt-sumInts(1:n)/n，midInt表示所述中心强度，sumInts(1:n)/n表示所述边缘强度，sumInts(1:n)表示所述边缘区域的第1至第N个像素的像素值之和，n为不小于4的自然数，S1为[2,4]中的任意值。