[发明专利]生物信息的分析方法、装置和存储介质在审

专利信息
申请号: 201911318537.1 申请日: 2019-12-19
公开(公告)号: CN110750362A 公开(公告)日: 2020-02-04
发明(设计)人: 王今安;贺增泉;湛瑜;陈梦思;罗劲星 申请(专利权)人: 深圳华大基因科技服务有限公司
主分类号: G06F9/50 分类号: G06F9/50;G16B50/30
代理公司: 11227 北京集佳知识产权代理有限公司 代理人: 李慧引
地址: 518083 广东省深圳市盐田区*** 国省代码: 广东;44
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摘要:
搜索关键词: 分析流程 运算 计算设备 资源需求 连接关系 样本信息 分布式系统 并行处理 存储介质 分层结构 计算资源 生物信息 分析 和运算 调用 分配 配置 申请
【说明书】:

本申请提供一种生物信息的分析方法、装置和存储介质,根据待分析样本信息建立起分析流程,分析流程包括节点和节点的连接关系,每个节点包括配置有对应的资源需求的运算任务,然后根据节点和节点的连接关系,逐个向分布式系统提供分析流程中的节点,使被提供的节点的各个运算任务被分配给各个计算资源满足运算任务的资源需求的计算设备处理。分析流程的所有节点被执行后,就得到对待分析样本信息的分析结果。本发明通过设置分析流程,节点和运算任务的分层结构,并根据运算任务的资源需求调用计算设备进行并行处理,使得每个计算设备均能高效的处理被分配的运算任务,最终高效的完成整个分析流程。

技术领域

本发明涉及计算机技术领域,特别涉及一种生物信息的分析方法、装置和存储介质。

背景技术

随着计算机技术的发展,许多需要进行信息分析的领域,都开始引入分布式系统,利用分布式系统中的多个计算设备并行的进行信息分析,从而提高分析效率。

现有的分布式系统,主要根据互联网大数据的信息分析特点(包括,样本信息的数量多,单个样本信息的数据量小)设计。而对于一些与互联网大数据的信息分析特点相悖的信息分析业务,根据互联网大数据的信息分析特点而设计的分布式系统就无法高效的完成信息分析工作。

例如,针对生物信息的分析,特别是针对基因测序后得到的基因测序文件的生物信息分析业务,就具有样本信息的数量少,但是每个样本信息的数据量极大的特点。利用现有的分布式系统分析基因测序文件,就会存在效率较低的问题。因此,目前亟需一种基于分布式系统的高效的生物信息分析方法。

发明内容

基于上述现有技术缺点,本发明提供一种生物信息的分析方法、装置和存储介质,以解决现有的分布式系统分析生物信息的效率较低的问题。

本发明第一方面提供一种生物信息的分析方法,包括:

根据待分析样本信息生成分析流程;其中,所述分析流程包括多个节点、以及节点和节点之间的连接关系,每一个所述节点均包括多个运算任务,每个所述运算任务均配置有对应的资源需求;

依据所述节点和节点之间的连接关系,逐个将所述分析流程中的节点提供于分布式系统,使所述分布式系统的多个计算设备处理所述节点的运算任务,得到所述运算任务的处理结果;其中,所述计算设备处理的运算任务的资源需求与所述计算设备的可用计算资源匹配,节点的每一个运算任务的处理结果,组合为所述节点的执行结果,所述待分析样本信息的分析结果至少包括所述分析流程的结束节点的执行结果。

可选的,所述将分析流程中的节点提供于分布式系统,包括:

针对所述节点的每一个运算任务,判断所述分布式系统中是否存在可用计算资源满足所述运算任务的资源需求的计算设备;

针对所述节点的每一个运算任务,若判断出所述分布式系统中存在可用计算资源满足所述运算任务的资源需求的计算设备,将所述运算任务发送至所述计算设备,使所述计算设备处理所述运算任务,得到所述运算任务的处理结果。

可选的,所述针对所述节点的每一个运算任务,判断当前所述分布式系统中是否存在可用计算资源满足所述运算任务的资源需求的计算设备之后,还包括:

针对所述节点的每一个运算任务,若所述分布式系统中不存在可用计算资源满足所述运算任务的资源需求的计算设备,将所述运算任务保存在任务队列中;

针对所述任务队列的每一个运算任务,按一定时间间隔判断所述分布式系统中是否存在可用计算资源满足运算任务的资源需求的计算设备;

针对所述任务队列的每一个运算任务,若判断出所述分布式系统中存在可用计算资源满足所述运算任务的资源需求的计算设备,将所述运算任务发送至所述计算设备,使所述计算设备处理所述运算任务,得到处理结果。

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