[发明专利]基于单样本sKLD指标检测复杂生物系统相变临界点的方法在审
申请号: | 201911142801.0 | 申请日: | 2019-11-20 |
公开(公告)号: | CN111009292A | 公开(公告)日: | 2020-04-14 |
发明(设计)人: | 刘锐;钟佳元;马硕;金海洋;陈培 | 申请(专利权)人: | 华南理工大学 |
主分类号: | G16H10/20 | 分类号: | G16H10/20;G16H50/00 |
代理公司: | 广州市华学知识产权代理有限公司 44245 | 代理人: | 蒋剑明 |
地址: | 510640 广*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 基于 样本 skld 指标 检测 复杂 生物 系统 相变 临界点 方法 | ||
1.一种基于单样本sKLD指标检测复杂生物系统相变临界点的方法,其特征在于,所述的方法包括如下步骤:
S1、准备参照样本,以正常时期提取的样本为参照样本,也就是把处于正常时期的相对健康个体作为背景,对于数值模拟,将初始时间点采集的样本被视为参照样本;对于真实的数据集,选择来自正常组织的样本作为参照样本;
S2、根据参照样本,拟合生物分子的分布,具体如下
对于生物分子gi,基于参照样本{s1,s2,…,sk}中的表达水平拟合高斯分布;然后,得到一个k维向量(area(Dgi(S1)),area(Dgi(S2)),…,area(Dgi(Sk))),其中,area(Dgi(Sk))代表第k个样本中的生物分子gi被高斯分布所确定的累积面积;
S3、按照如下公式构造参照分布P
其中,area(Dgi(Sk))代表第k个样本中的生物分子gi被对应的高斯分布所确定的累积面积,对于分布P,有
S4、对于单个实验样本,基于这单个实验样本构造扰动分布Q,如下所示
其中,area(Dgi(Scase))代表的是实验样本的生物分子gi被对应的高斯分布所确定的累积面积,对于分布Q,有
S5、根据公式(A3)计算sKLD,sKLD用于评估参照分布P和扰动分布Q之间的差异;
这里P和Q代表是离散概率分布,分布P和Q分别满足其中P(k)和Q(k)分别是参照分布和扰动分布的第k个生物分子的概率值;
该检测复杂生物系统相变临界点的方法至少需要6个正常样本作为参照样本;
所述的sKLD指标突然迅速增加预示即将到来的临界转变,或者复杂生物系统相变临界点的出现。
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