[发明专利]基于化学信息的化合物的生物响应的自动预测

权利要求书

1.一种处理器实现的方法，其包括：

接收与化合物的化学结构有关的生物数据(302)；

使用相关分子结构产生化合物的多个化学信息，其中所述多个化学信息包括多个物理化学和结构描述符、多个分子指纹(MFs)、多个分子片段和多个2D和3D结构图像(304)；

对所述多个化学信息应用一种或多种统计分析技术以获得过滤的化学信息(306)，其中对所述多个化学信息应用一种或多种统计分析技术以获得过滤的化学信息的步骤包括：

使用所述多个物理化学和结构描述符获得过滤的描述符组(306a)；

基于所述多个分子指纹生成多个指纹类别，其中第一指纹类别包括基于出现阈值选择的第一组指纹，其中第二指纹类别包括通过在多个分子指纹上应用卡方检验和Fisher精确检验中的至少一个而选择的第二组指纹，其中第三指纹类别包括通过对所述多个分子指纹应用信息增益统计检验而选择的第三组指纹(306b)；

生成包括第四组指纹的第四指纹类别，所述第四组指纹基于所述多个分子指纹和所述多个分子片段以及所述出现阈值的组合来选择(306c)；以及

对所述多个2D和3D结构图像执行一种或多种变换技术以获得优化的结构图像组(306d)；

分别基于所述过滤的描述符组、所述第一组指纹、所述第二组指纹、所述第三组指纹、所述第四组指纹和所述优化的结构图像组自动生成多个模型(308)；

基于所述生物数据和所述多个化学信息从所述多个模型中自动选择和推荐最佳模型(310)；以及

基于来自所述多个模型的所述最佳模型和一个或多个用户选择的模型中的至少一个自动预测化合物的生物响应(312)。

2.根据权利要求1所述的处理器实现的方法，其中所述第一组指纹、所述第二组指纹、所述第三组指纹和所述第四组指纹包括一个或多个CDK指纹、一个或多个CDK扩展指纹、一个或多个Estate指纹、一个或多个CDK仅图表指纹、一个或多个MACCS指纹、一个或多个Pubchem指纹、一个或多个子结构指纹、一个或多个Klekota-Roth指纹、2D原子对指纹、一个或多个分子片段或其组合。

3.根据权利要求1所述的处理器实现的方法，其中所述第一组指纹和所述第四组指纹包括I型指纹、II型指纹、III型指纹和IV型指纹中的至少一种。

4.根据权利要求1所述的处理器实现的方法，其中所述第二组指纹包括A型指纹和B型指纹，并且其中所述第三组指纹包括C型指纹。

5.根据权利要求1所述的处理器实现的方法，其中对所述多个物理化学和结构描述符应用一种或多种统计分析技术的步骤从特定于所述多个物理化学和结构描述符的数据获得过滤的有统计学意义的描述符组。

6.根据权利要求1所述的处理器实现的方法，其中在所述第一组指纹和所述第四组指纹的至少一种中存在I型指纹表明I型指纹对生物响应、不良事件或化合物活性之一的贡献，并且其中在所述第一组指纹和所述第四组指纹的至少一种中不存在II型指纹表明II型指纹对生物响应、不良事件或化合物活性之一的贡献。

7.根据权利要求1所述的处理器实现的方法，其中在所述第一组指纹和所述第四组指纹的至少一种中存在III型指纹表明III型指纹对化合物的无活性、无不良事件或无毒性之一的贡献，并且其中在所述第一组指纹和所述第四组指纹的至少一种中不存在IV型指纹表明IV型指纹对化合物的无活性、无不良事件或无毒性之一的贡献。

8.根据权利要求1所述的处理器实现的方法，其中在所述多个模型中生成的第二模型和第四模型是分别基于所述第一组指纹和所述第四组指纹以及第一组指纹和第四组指纹的每种类型在化合物中的出现，并且其中在所述多个模型中的第三模型是基于所述第二组指纹和所述第三组指纹中的活性、生物响应或不良事件水平中的至少一种的概率生成的。