[发明专利]基于变构机制的靶标识别方法、设备及存储介质

权利要求书

1.基于变构机制的靶标识别方法，其特征在于，包括：

提取包含变构位点的变构蛋白数据；

获取特定基因的突变数据；

构建所述特定基因的突变数据与所述变构蛋白数据的映射关系，基于所述映射关系获取特定基因的突变数据在所述变构蛋白数据的所述变构位点的突变概率，并基于所述突变概率识别靶标。

2.如权利要求1所述的基于变构机制的靶标识别方法，其特征在于，获取特定基因的突变数据，包括通过以下至少一种方式从数据库中获取：

获取体细胞突变数据、获取遗传病致病突变数据、获取罕见病致病突变数据。

3.如权利要求1所述的基于变构机制的靶标识别方法，其特征在于，提取包含变构位点的变构蛋白数据，包括：

对获取的变构蛋白数据进行预处理，提取相应的变构复合物数据；

其中，所述变构复合物的提取标准包括：

(1)仅包含晶体结构中包含变构配体分子的数据；

(2)排除结合到变构共价配体的复合物；

(3)变构复合物中的配体为常规的有机物分子；

(4)排除变构区域结合离子和寡肽结合的复合物数据；

从提取出的所述变构结合复合物中识别所述变构位点。

4.如权利要求3所述的基于变构机制的靶标识别方法，其特征在于，从所述变构结合复合物中识别所述变构位点包括：

使用PyMOL软件提取所述变构结合复合物的蛋白序列数据中与所述变构位点相关的氨基酸残基信息，并将提取到的所述蛋白序列数据中与所述变构位点相关的氨基酸残基序列使用PDBSWS软件与UniProt数据库中相应的蛋白序列数据进行比对分析，识别出第一变构蛋白，完成变构位点的识别，所述第一变构蛋白包括蛋白三维结构和变构位点注释。

5.如权利要求4所述的基于变构机制的靶标识别方法，其特征在于，还包括从所述第一变构蛋白中识别正位位点，所述正位位点的识别包括：

从PDB数据库中获取所述第一变构蛋白的正位复合结构，并提取相应的正位结合复合物，其中，所述正位结合复合物的提取标准包括：(1)晶体结构的精度/分辨力高于(2)正位配体为常规的有机物小分子物质；

使用PyMOL软件提取所述正位结合复合物的蛋白序列数据中与正位位点相关的氨基酸残基，并使用PDBSWS将所述正位位点的氨基酸残基与UniProt数据库中相应的蛋白序列数据进行比对分析，获得第二变构蛋白，完成所述正位位点的识别，所述第二变构蛋白包括蛋白三维结构和正位位点注释。

6.如权利要求4所述的基于变构机制的靶标识别方法，其特征在于，

从所述第一变构蛋白中识别位点的方式，还包括：

(1)从PDB蛋白数据库获取所述第一变构蛋白的变构结合复合物数据；

(2)使用Fpocket软件检测每个蛋白的表面孔隙并提取孔隙残基，所述孔隙残基的提取条件包括：

围绕α球最小半径

最大半径范围

口袋中最小α球数量为35(-i)；

非极性球接触非极性原子数最小为3(-A)；

维诺图中两个α球的最小距离为

最大的簇距为

口袋中靠近其它口袋中α球的α球数目为2(-n)；

α球到其它口袋的最近距离为

最大的非极性α球与口袋中α球的比率为0.0(-p)；

蒙特卡洛算法的迭代次数为2500(-v)；

(3)合并提取出的蛋白结构中的蛋白表面孔隙残基；

(4)从检测到的孔隙数据中，去除蛋白变构位点对应的氨基酸残基和蛋白正位位点对应的氨基酸残基，剩余的氨基酸残基为其他位点的氨基酸残基；

使用PDBWSW软件将提取的所述其他位点的氨基酸残基与UniProt数据库中相应的蛋白序列数据进行比对分析，获得第三变构蛋白，完成位点的识别，所述第三变构蛋白包括蛋白三维结构和对应的位点注释。