[发明专利]基于线虫表型指征的化学物毒性高通量筛检方法在审

专利信息
申请号: 201811572534.6 申请日: 2018-12-21
公开(公告)号: CN109655605A 公开(公告)日: 2019-04-19
发明(设计)人: 李国君;鲜波;高珊;陈维洋;张楠;敬海明;宁钧宇;曾迎新;张文静;娄云 申请(专利权)人: 北京市预防医学研究中心
主分类号: G01N33/50 分类号: G01N33/50;G01N21/84
代理公司: 北京同辉知识产权代理事务所(普通合伙) 11357 代理人: 孙艳敏;杨敬
地址: 100013 北京*** 国省代码: 北京;11
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摘要:
搜索关键词: 线虫 表型 电荷耦合装置 记录图像 高通量 化学物 时间点 显微镜 筛检 扫描 图像处理软件 并用 处理数据 染毒溶液 数据分析 线虫培养 培养基 倒置 染毒 离心管 时间段 同步化 荧光 冲洗 图像 拍摄
【权利要求书】:

1.基于线虫表型指征的化学物毒性高通量筛检方法,包括以下步骤:

S1:同步化线虫,得到都处于L1期的线虫;

S2:将步骤S1得到的L1期线虫培养至L4期,其中,将L1期线虫均匀滴在铺有细菌的NGM培养基上,培养30-38小时,观察线虫,当线虫的身体一侧出现月亮斑时,得到L4期线虫;之后,使用K-medium溶液将NGM培养基上的L4期线虫冲洗至离心管中;

S3:将步骤S2得到的L4期线虫的K-medium溶液加入到384孔板中;0h时在显微镜下扫描384孔板并用电荷耦合装置记录图像,对所述384孔板的每个孔采集5-15帧图像并且保存图像,之后向384孔板的每个孔内加入染毒溶液,分别在染毒后的多个时间段使用显微镜下扫描384孔板并用电荷耦合装置记录图像,所述384孔板的每个孔采集5-15帧图像并且保存图像;

S4:处理数据,使用MATLAB图像处理软件对所拍摄的不同时间点的图像进行数据分析,得到不同时间点的线虫的表型指征。

2.根据权利要求1所述的基于线虫表型指征的化学物毒性高通量筛检方法,其特征在于,步骤S1中线虫的同步化,包括以下步骤:

(1)选取腹内含两排虫卵的N2野生型线虫,使用s-basal溶液将线虫洗至离心管中,使线虫自然沉淀;

(2)待线虫沉淀后,弃掉离心管中的上清液,使用漂白溶液溶解离心管内沉淀的线虫,溶解后的线虫在15-25℃的温度下离心3分钟,弃掉离心管中的上清液,得到线虫的虫卵;

(3)使用s-basal溶液冲洗步骤(2)得到的线虫虫卵,其中,将虫卵置于离心管中,向离心管内加入3-8ml的s-basal溶液重悬虫卵,将装有虫卵溶液的离心管平放在摇床上,防止线虫虫卵沉淀,线虫虫卵在摇床上震荡10-12小时后,得到L1期线虫;

(4)将装有步骤(3)得到的L1期线虫的离心管平放在10-20℃的恒温培养箱里,显微镜下观察计算L1期线虫的密度,并且记录L1期线虫的密度。

3.根据权利要求2所述的基于线虫表型指征的化学物毒性高通量筛检方法,其特征在于,步骤(2)使用漂白溶液溶解离心管内沉淀的线虫时,漩涡震荡离心管7-9分钟。

4.根据权利要求2所述的基于线虫表型指征的化学物毒性高通量筛检方法,其特征在于,步骤(3)中摇床保持在15-25℃的恒温状态,摇床设定为80-120转每分钟。

5.根据权利要求1所述的基于线虫表型指征的化学物毒性高通量筛检方法,其特征在于,步骤S2中,还包括:使用K-medium溶液多次冲洗L4期线虫沉淀,在显微镜下调配L4期线虫的密度,使L4期线虫的密度在每50μL K-medium溶液中20-40只。

6.根据权利要求1所述的基于线虫表型指征的化学物毒性高通量筛检方法,其特征在于,步骤S3中,在384孔板中的每个孔内50μL的L4期线虫的K-medium溶液,调配每个孔中的线虫数目使每个孔内的线虫总数维持在20-40只;若孔中线虫数目多于40只,将多余的线虫粘出;若孔中线虫数目少于20只,将孔中溶液吸出并且重新滴加等量溶液;若在显微镜下显示的孔内的图像有气泡,则吸出孔内液体并且重新添加50μL溶液。

7.根据权利要求1所述的基于线虫表型指征的化学物毒性高通量筛检方法,其特征在于,步骤S3中,在染毒后的6h、12h、18h和/或24h分别使用显微镜下扫描384孔板并用电荷耦合装置记录图像。

8.根据权利要求1所述的基于线虫表型指征的化学物毒性高通量筛检方法,其特征在于,步骤S4中,数据分析选择聚类分析、PCA的分析、未配对T检验和/或SVM的分析应用的R-package分析。

9.根据权利要求1所述的基于线虫表型指征的化学物毒性高通量筛检方法,其特征在于,步骤S4中,线虫的表型指征包括线虫死活相关的指数、线虫大小相关的指数、灰度值相关的指数、卷曲度相关的指数和活动度相关的指数。

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