[发明专利]鉴别及评价肿瘤进展的装置和方法

说明书

本申请涉及鉴别及评价肿瘤进展的装置和方法。所述装置或方法可包括：1)能够提供患有所述肿瘤的患者的临床特征的模块或步骤；2)能够提供源自所述患者的至少一种生物学指标的模块或步骤；3)能够确定各所述患者的所述至少一种生物学指标与相应患者的所述临床特征的相关性的模块或步骤；以及4)能够评价所述肿瘤的进展或鉴定相关评价指标的模块或步骤。本申请的装置或方法能够为研究肿瘤进展的潜在分子机制和提供针对肿瘤进展的治疗策略提供指导。

技术领域

本申请涉及疾病的检测和治疗，具体涉及用于鉴别能够用于评价肿瘤进展的生物学指标的装置和方法，以及用于判断肿瘤进展的装置和方法。

背景技术

阐明肿瘤发生的潜在分子机制是肿瘤学中最重要的问题之一。通过高通量DNA测序能够获得患者在基因表达失调时的基因组特征。例如，已经发现拷贝数变异(CNV)可以作为结直肠癌等癌症的重要指标(参见Zhao S,et al,.Proc Natl Acad Sci U S A 2013,110(8):2916-2921)。DNA甲基化是一种重要的表观遗传机制，在膀胱癌细胞中，异常的DNA甲基化水平已被证明与某些基因的功能紊乱有关，因此也与膀胱癌的发生有关(参见RoseM,et al,.Carcinogenesis 2014,35(3):727-736)。体细胞突变往往被认为是膀胱癌进展的另一个原因(参见Soung YH,et al,.Oncogene 2003,22(39):8048-8052)。而微小RNA的异常表达可能导致膀胱癌细胞中胞内调节网络的紊乱(参见Jin Y,et al,.Tumour Biol2015,36(5):3791-3797)。

然而，癌症的发生和进展往往是多步骤和高度动态的过程，其涉及细胞中多种分子的活性水平变化。因此，仅通过单个指标来评价癌症的进展或预后通常是困难的。本领域中也缺乏能够与临床特征(例如，疾病进展情况)相关联的可靠的生物学指标。相应地，亟需鉴别出能够揭示癌症进展的潜在生物学指标，并从例如基因表达水平、拷贝数变异、DNA甲基化、体细胞突变和微小RNA(microRNA)调控等多个角度来评价与癌症进展相关的重要生物学指标，并研究如何综合利用这些指标来评价癌症的进展和/或预后。

发明内容

本申请提供了一种用于鉴别能够评价肿瘤进展的生物学指标的装置和方法，所述装置和方法能够通过创造性地将患有肿瘤的患者的临床特征(例如肿瘤分期阶段和/或所述患者的生存时间)与该患者的至少一种生物学指标(例如基因的表达水平、拷贝数变异、DNA甲基化、体细胞突变和微小RNA等)进行比较和关联，而鉴定出能够用于评价肿瘤进展的生物学指标。此外，本申请还提供了用于判断受试者中肿瘤进展的装置和方法，所述装置和方法能够通过创造性地综合利用所鉴定出的各种生物学指标、并给各个不同的指标分配合理的权重，而判断受试者中肿瘤进展的情况。在某些情况下，本申请的装置或方法还可以根据所述判断的结果，提供适合的治疗方案。

一方面，本申请提供了一种用于鉴别能够评价肿瘤进展的生物学指标的装置，所述装置包括：1)临床特征模块，其能够提供患有所述肿瘤的患者的临床特征，所述临床特征包括所述患者的肿瘤分期阶段和/或所述患者的生存时间；2)生物学指标模块，其能够提供源自所述患者的至少一种生物学指标；3)相关性判断模块，其能够确定各所述患者的所述至少一种生物学指标与相应患者的所述临床特征的相关性；以及4)鉴别模块，其能够将在模块3)中被判定为与所述临床特征相关的生物学指标鉴别为能够评价所述肿瘤的进展。

另一方面，本申请提供了一种用于鉴别能够评价肿瘤进展的生物学指标的装置，所述装置包括用于鉴别所述生物学指标的计算机，所述计算机被编程以执行如下步骤：1)提供患有所述肿瘤的患者的临床特征，所述临床特征包括所述患者的肿瘤分期阶段和/或所述患者的生存时间；2)提供源自所述患者的至少一种生物学指标；3)确定各所述患者的所述至少一种生物学指标与相应患者的所述临床特征之间的相关性；以及4)将在3)中被判定为与所述临床特征相关的生物学指标鉴别为能够评价所述肿瘤的进展。