[发明专利]通过共分级分离鉴定配体

说明书

本发明涉及一种测定大分子配体的方法，所述方法包括或组成为(a)将包含(i)由所述大分子和所述配体形成的复合体和(ii)未结合配体的样品进行分离所述复合体和所述未结合的配体的方法；(b)从步骤(a)中获得的复合体中释放配体；和(c)将步骤(b)中得到的释放的配体进行化学分析方法，从而确定所述大分子的所述配体。

本发明涉及一种测定大分子配体的方法，所述方法包括或组成为(a)使包含(i)由所述大分子和所述配体形成的复合体和(ii)未结合配体的样品进行分离所述复合体与所述未结合配体的方法；(b)从步骤(a)中获得的复合体中释放配体；(c)将步骤(b)中得到的释放的配体进行化学分析方法，从而确定所述大分子的所述配体。

在本说明书中，引用了许多文献，包括专利申请和制造商手册。这些文献的公开内容虽然不被认为与本发明的可专利性相关，但在此通过引用整体并入。更具体地，所有参考文献通过引用并入，其程度如同每个单独的文献被具体和单独地指出通过引用并入。

近年来在所谓的“组学”技术方面取得了重大进展，允许同时定量数千种生物分子，包括转录物，蛋白质和代谢物(Joyce Palsson,Nat.Rev.Mol.Cell Biol.7,198–210(2006))。这些分子是生命的构件，但正是它们的相互作用才使得生命成为可能。因此，分子复合体大规模的分析是下一个需要解决的重大挑战之一。其中，考虑到小分子的多样性，特别是当用作诱饵时的检测，鉴定和固定，蛋白质-代谢物相互作用组(PMI)的分析特别麻烦。然而，PMI在学术研究和药物发现方面的重要性推动了PMI分析方法的发展(Li et al.,Cell 143,639-50(2010)；Savitski et al.,Science346,1255784(2014))。通常，现有方法包括使用小分子作为诱饵来“剔除”相互作用蛋白质的方法(Maeda et al.,Nat.Protoc.9,2256-66(2014))or vice versa(Hulce et al.,Nat.Methods 10,259–264(2013)；Reinhard et al.,Nat.Methods 12,1129-1131(2015))。当已知至少一个相互作用配偶体时，此类测定提供了表征蛋白质-代谢物复合体的有效方法。然而，它们受到限制，因为它们仅允许检测一对一的相互作用。

生物活性化合物(包括药物)是小分子，其通过将系统状态调节到所需方向而在给定生物系统中发挥所需功能。它们代表了制药，农用化学和生物工程工业(生命科学工业)的关键成分，每年的营业额超过1万亿欧元。

为了开发生命科学市场的新药，需要克服在开发和市场进入阶段以及早期发现阶段的许多障碍。

至于发现阶段，按照两种主要途径之一获得新的基于小分子的药物的先导：(1)将许多小分子应用于给定的生物系统，并监测系统/其表型的反应。诱导所需反应/表型的小分子经化学优化，并阐明其在生物系统中的分子靶标。(2)鉴定需要调节的大分子靶标(在大多数情况下是蛋白质或RNA)，以达到系统/表型的所需反应。在第二种方法的情况下，关键的挑战在于鉴定以期望的方式影响目标大分子活性的小分子。为此，使用高通量筛选(HTS)筛选高达数百万种不同化合物的综合(化学)文库调节靶活性的能力。

这种鉴定能够调节大分子靶活性并因此用作开发最终药物的先导化合物的化合物的方法存在两个缺点。

(1)通常，应用研究中的生物系统的外源化合物。实例是由数百万化学合成的化合物或天然化合物(文库)组成的化合物文库，其在大多数情况下衍生自不同的生物系统(例如植物或微生物)。相反，制药工业中的目标生物是人类和兽医工业中的动物(主要是哺乳动物)。较少使用内源性化合物作为先导化合物的原因是对人体系统中存在的调节大分子实体如蛋白质，RNA等活性的内源性化合物的了解非常有限。