[发明专利]核酸的自动化尺寸选择

说明书

本申请是申请号为201280028830.4，申请日为2012年6月15日，发明名称为“核酸的自动化尺寸选择”的申请的分案申请。

相关申请的引用

本申请要求2011年6月16日提交并且名称为用于核酸自动化尺寸选择的方法和设备(Method and Apparatus for Automated Size Selection of Nucleic Acids)的美国申请号61/497586的巴黎公约优先权，该申请出于所有目的特此通过引用结合在此。出于美国的目的，本申请根据35U.S.C.§119要求2011年6月16日提交并且名称为用于核酸自动化尺寸选择的方法和设备的美国申请号61/497586的权益，该申请出于所有目的特此通过引用结合在此。

技术领域

本发明涉及核酸的自动化尺寸选择。本发明的诸个方面提供了适用于根据尺寸选择核酸的方法和设备。

背景技术

存在所希望的通过尺寸选择核酸(如DNA或RNA)的广泛应用。举例来说，尺寸选择被用于生产用于测序和其他应用的DNA库。

存在用于DNA尺寸选择的多种技术。这些技术中的一些是不希望地劳动密集的。用于DNA尺寸选择的一种方法是在一种凝胶中对包含DNA的一个样品进行电泳。由于具有不同尺寸的DNA在该凝胶中具有不同迁移率，所以电泳将DNA按尺寸分成不同条带。可以鉴别出包含所希望的尺寸范围中的DNA的一个条带并且接着从该凝胶手动切割出来。接着可以从该凝胶提取出所希望的DNA。

一些电泳系统包括在一种凝胶中形成的诸个孔。DNA可以通过电泳而跑到这些孔中。英杰E-凝胶(Invitrogen E-gel)和龙沙(Lonza)Flash Gel^TM提供这些孔。

Y-通道尺寸选择机器是用于DNA尺寸选择的另一种技术。实例是Sage Pippin Prep^TM和Caliper XT^TM机器。这些机器可以通过将具有所希望的尺寸范围的DNA转向到一个侧通道中并且抵着一个分子量截止过滤器收集转向了的DNA而从一个样品提取具有所希望尺寸范围的DNA。

从贝克曼库尔特(Beckman Coulter)和其他公司可获得的固相可逆固定化珠粒(Solid Phase Reversible Immobilization Bead，SPRI)可以用于截留具有某一尺寸的DNA并且接着在洗涤和pH值变化后释放该DNA。

还需要可以提供高通量的一种DNA尺寸选择技术。还需要可以在减少劳动的情况下提供精确的DNA尺寸选择的一种DNA尺寸选择技术。

概述

本发明具有许多可以一起申请的方面。这些方面中的一些具有独立申请。一个方面提供了用于核酸自动化尺寸选择的设备。另一个方面提供了一种计算机系统，用于控制用于核酸自动化尺寸选择的设备。另一个方面提供了用于核酸自动化尺寸选择的方法。核酸可以包括DNA和/或RNA。另一个方面提供了除其他之外适用于核酸自动化尺寸选择的滤筒(cartridge)。

在一个示例实施例中，通过将DNA样品单独装载到琼脂糖通道中而对核酸进行尺寸选择，这些琼脂糖通道的每一个具有在该通道的一个末端的一个装载孔和在下游的一个提取孔。在装载后对这些核酸进行电泳并且这些核酸在它们朝着该提取孔迁移时被按尺寸分开。使该通道在这一过程中定期成像并且一种软件算法使用这些图像来鉴别参考条带和预测所希望的核酸片段将到达该提取孔的时间。通道电流经由DC电压的脉宽调制也是单独可控制的，使得如果相邻样品在不同速度下跑胶，那么可以改变提取时间以使得两个样品无需在同一时刻被提取。