[发明专利]用于细胞系鉴定的21位点STR数据库的建立方法及细胞鉴定及匹配率的计算方法和系统在审
申请号: | 201710108853.0 | 申请日: | 2017-02-27 |
公开(公告)号: | CN106894095A | 公开(公告)日: | 2017-06-27 |
发明(设计)人: | 沈超;朱欢;刘晏瑞;刘月红;袁冰;徐国东;郑从义 | 申请(专利权)人: | 武汉大学;武汉珈创生物技术股份有限公司 |
主分类号: | C40B50/06 | 分类号: | C40B50/06;G06F19/22;G06F17/30 |
代理公司: | 武汉科皓知识产权代理事务所(特殊普通合伙)42222 | 代理人: | 鲁力 |
地址: | 430072 湖*** | 国省代码: | 湖北;42 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 用于 细胞系 鉴定 21 str 数据库 建立 方法 细胞 匹配 计算方法 系统 | ||
1.一种用于细胞系鉴定的21位点STR数据库的建立方法,其特征在于,21个STR位点包括ATCC与DSMZ中的9个位点,以及D19S433、D21S11、D18S51、D6S1043、D3S1358、Penta D、D2S441、D8S1179、Penta E、D12S391、D2S1338、FGA的12个位点,具体包括:
步骤1,通过检测得到多个细胞系的21个位点数据;
步骤2,建立数据表,以获得所述21位点STR数据库,所述数据表包含21组STR位点数据记录,一组记录对应一个STR位点,每组记录包含至少两条STR位点记录;所述数据表包含多个字段,所述字段包含:
字段一:STR位点名称,
字段二:STR位点特征数
字段三:是/否能为空。
2.根据权利要求1所述的一种用于细胞系鉴定的21位点STR数据库的建立方法,其特征在于,所述步骤2中,每组记录中,AMEL性别位点包含两条记录,其他位点均包含至少一条至多三条不同的记录。
3.一种采用权利要求1所述的21位点STR数据库的细胞鉴定的方法,其特征在于,根据21位点STR数据库中计算与已知细胞系的STR特征数的匹配率,以实现所述鉴定,具体计算包括:
计算方式一:STR数据库匹配率(%)=送检样品细胞与数据库比对细胞等位基因中相同等位基因的总数目/(样品细胞等位基因总数目+数据库比对细胞等位基因总数目)*100%
计算方式二:ATCC数据库匹配率(%)=(送检样品细胞与数据库比对细胞共有等位基因数目/数据库比对细胞等位基因总数目)*100%
计算方式三:DSMZ数据库匹配率(%)=送检样品细胞与数据库比对细胞共有等位基因数目*2/(送检样品细胞等位基因总数目+数据库比对细胞等位基因总数目)*100%。
4.根据权利要求3所述的采用21位点STR数据库的细胞鉴定的方法,其特征在于,21位点STR数据库计算方法中纯合等位基因只记一个;ATCC数据库计算方法中纯合等位基因只记一个;DSMZ数据库计算方法中纯合等位基因记两个。
5.权利要求4所述的采用21位点STR数据库的细胞鉴定的方法,其特征在于,其特征在于,根据计算方式一、二、三中任意一种方法计算待测细胞中至少9个至多21个STR位点的匹配率。
6.一种采用权利要求4所述的细胞鉴定的方法计算两个细胞系间的STR匹配率,其特征在于,定义两个细胞系,分别是细胞系A和细胞系B,计算细胞系A和细胞系B间的STR匹配率采用计算方式一、二、三中任意一种方法计算两个细胞系间的STR匹配率;具体包括:
计算方式一:STR数据库匹配率(%)=细胞系A与细胞系B等位基因中相同等位基因的总数目/(细胞系A等位基因总数目+细胞系B等位基因总数目)*100%
计算方式二:ATCC数据库匹配率(%)=(细胞系A与细胞系B共有等位基因数目/细胞系B等位基因总数目)*100%
计算方式三:DSMZ数据库匹配率(%)=细胞系A与细胞系B共有等位基因数目*2/(细胞系A等位基因总数目+细胞系B等位基因总数目)*100%。
7.一种细胞鉴定的系统,其特征在于,包括:
输入装置,用以输入所测细胞的STR特征数;
输出装置,用以输出所测细胞的细胞系匹配率;
21位点STR数据库存储装置:与输入装置和输出装置相连,用以根据数据库中细胞系数据和计算方式一、二、三匹配率计算方法进行匹配率的计算。
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