[发明专利]用于受控DNA片段化的方法

权利要求书

1.用于在活体外反应中从初始核酸样品中分离核酸的方法，包括：

a)提供多种转座体复合物，其包括(i)多种转座酶，(ii)第一转座子末端序列，其中所述第一转座子末端序列能够结合来自所述多种转座酶的转座酶，并且其中所述第一转座子末端序列包含至少一个切口、间隙、脱嘌呤位点或脱嘧啶位点，(iii)第二转座子末端序列，其中所述第二转座子末端序列能够结合来自多种转座酶的转座酶，并且其中所述第二转座子末端序列包含至少一个切口、间隙、脱嘌呤位点或脱嘧啶位点；

b)在适宜将所述第一转座子末端序列和所述第二转座子末端序列转座到所述核酸中并使所述核酸片段化的条件下，使所述多种转座体复合物与所述核酸在单一反应混合物中进行接触，其中所述核酸包括第一核酸分子；以及

c)通过将所述第一转座子末端序列转座到所述第一核酸分子的第一位置并且片段化并标记所述第一核酸分子，并且通过将所述第二转座子末端序列转座到所述第一核酸分子的第二位置并且片段化并标记所述第一核酸分子，产生具有连接到所述第一转座子末端序列的第一末端和连接到所述第二转座子末端序列的第二末端的至少一个片段化且标记的DNA分子，其中所述至少一个片段化且标记的DNA分子包含具有至少一个切口、间隙、脱嘌呤位点或脱嘧啶位点的第一转座子末端序列，和具有至少一个切口、间隙、脱嘌呤位点或脱嘧啶位点的第二末端。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述初始核酸样品包含RNA或DNA。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述初始核酸样品包含基因组DNA或无细胞DNA。

4.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个转座体复合物包含多种同转座体复合物，或者异转座体复合物的混合物。

5.根据权利要求4所述的方法，其中所述异转座体复合物的混合物包含2-100种不同的转座体复合物。

6.根据权利要求1所述的方法，进一步包括：将至少一个通用衔接子序列附加到与所述第一转座子末端序列连接的所述片段化且标记的DNA分子的所述第一末端。

7.根据权利要求1所述的方法，进一步包括：将至少一个通用衔接子序列附加到与所述第二转座子末端序列连接的所述片段化且标记的DNA分子的所述第二末端。

8.根据权利要求6所述的方法，其中所述通用衔接子序列包括扩增引物序列、测序引物序列和/或条形码序列。

9.根据权利要求6所述的方法，进一步包括：扩增所述至少一个片段化且标记的DNA分子以生成标记的DNA扩增子。

10.根据权利要求9所述的方法，进一步包括：对所述标记的DNA扩增子进行测序以产生多个测序读长。

11.根据权利要求10所述的方法，进一步包括：将所述测序读长与至少一个参考序列进行比对。

12.根据权利要求10所述的方法，其中至少一个测序读长包含一个或多个突变，包括一个或多个核苷酸的点突变、缺失、插入或取代、倒位、重排、融合、截短、颠换、转换、无义突变、易位、重复、序列重复、融合序列、单核苷酸多态性(SNP)、拷贝数变异(CNV)和/或变异或异常剪接序列。

13.根据权酸样品中对应于第一目标靶序列的测序读长的数目以获得第一数目。

14.根据权利要求10所述的方法，其中所述测序包括大规模并行测序反应。

15.根据权利要求14所述的方法，其中所述大规模并行测序反应包括掺入核苷酸。