[发明专利]用于基因测序和其它应用的条形编码系统及方法

权利要求书

1.一种方法，其包括：

提供包含颗粒的多个液滴，使得至少约90％的所述液滴包含一个颗粒或不包含颗粒，所述颗粒包含寡核苷酸，所述寡核苷酸包含条形码序列：选自预先确定的第一条形码池的第一条形码和选自预先确定的第二条形码池的第二条形码，使得基本上每个所述颗粒包括可区分的条形码序列；以及

将核酸序列附接至所述寡核苷酸。

2.权利要求1的方法，其中所述颗粒包含水凝胶颗粒。

3.权利要求1或2中任一项的方法，其中所述多个液滴包括微流体液滴。

4.权利要求1-3中任一项的方法，其中所述预先确定的第一条形码池包含至少约300个可区分的条形码。

5.权利要求1-4中任一项的方法，其中所述预先确定的第一条形码池包含至少约1,000个可区分的条形码。

6.权利要求1-5中任一项的方法，其中所述预先确定的第一条形码池包含至少约3,000个可区分的条形码。

7.权利要求1-6中任一项的方法，其中所述预先确定的第二条形码池包含至少约300个可区分的条形码。

8.权利要求1-7中任一项的方法，其中所述预先确定的的第二条形码池包含至少约1,000个可区分的条形码。

9.权利要求1至8中任一项的方法，其中所述预先确定的第二条形码池包括至少约3,000个可区分的条形码。

10.权利要求1-9中任一项的方法，其中所述可区分的条形码序列包含至少10,000个可区分的条形码序列。

11.权利要求1-10中任一项的方法，其中所述可区分的条形码序列包含至少100,000个可区分的条形码序列。

12.权利要求1-11中任一项的方法，其中所述核酸序列被配置成与基因组DNA结合。

13.权利要求12所述的方法，其中所述基因组DNA包含人基因组DNA。

14.权利要求1-13中任一项的方法，其中所述核酸序列被配置成与基因结合。

15.权利要求1-14中任一项的方法，其中将至少一些所述寡核苷酸附接至所述颗粒的表面。

16.权利要求1-15中任一项的方法，其中将至少一些所述寡核苷酸共价键合至所述颗粒。

17.权利要求16的方法，其中至少一些所述寡核苷酸通过丙烯酸亚磷酰胺连键共价键合至所述颗粒。

18.权利要求16或17中任一项的方法，其中至少一些所述寡核苷酸中通过氨基连键共价键合至所述颗粒。

19.权利要求1-18中任一项的方法，其中至少一些所述寡核苷酸通过生物素-链霉抗生物素蛋白连键共价键合至所述颗粒。

20.权利要求1-19中任一项的方法，其中至少一些所述寡核苷酸包含可切割的连接子。

21.权利要求20的方法，其中所述可切割的连接子是光可切割的连接子。

22.权利要求20的方法，其中所述可切割连接子是化学可切割的连接子。

23.权利要求20的方法，其中所述可切割的连接子是酶可切割的连接子。

24.权利要求1-23中任一项的方法，其还包括从所述颗粒中释放至少一些所述寡核苷酸。

25.权利要求1-24中任一项的方法，其中至少约95％的所述液滴包含一个水凝胶颗粒或不包含水凝胶颗粒。

26.权利要求1-25中任一项的方法，其中以不超过约1个颗粒/液滴将所述颗粒包含在所述液滴内。

27.权利要求1-26中任一项的方法，其中以不超过约0.1个颗粒/液滴将所述颗粒包含在所述液滴内。

28.权利要求1-27中任一项的方法，其中以不超过约0.01个颗粒/液滴将所述颗粒包含在所述液滴内。

29.权利要求1-28中任一项的方法，其中所述多个颗粒具有不超过约500微米的平均直径。