[发明专利]一种马铃薯M病毒基因组全序列及其应用

说明书

本发明公开了一种马铃薯M病毒基因组全序列及其应用。核酸分子的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示或其反义序列。应用为所述的核酸分子用于制备检测马铃薯M病毒的引物、探针或试剂盒，或用于制备抗马铃薯M病毒的抗体。发明人通过常规的病样总RNA的提取和利用多对简并引物进行RT‑PCR扩增、测定了侵染云南马铃薯的马铃薯M病毒基因组全序列。分析发现其基因组为线状、单链正义RNA，不含poly(A)全长8530nt，含6个开读框（ORF），具香石竹潜隐病毒属（Carlavirus）典型结构特征。其中病毒编码的223kDa、25kDa、12 kDa、7 kDa、34 kDa（外壳蛋白）、11kDa蛋白与其分离物的核苷酸同源性分别低于72%、75.1%、71.6%、59.1%、94.6%、97%，根据病毒株系分类标准，马铃薯M病毒云南马铃薯分离物属于一个远缘株系。

技术领域

本发明属于植物病毒技术领域，具体涉及一种马铃薯M病毒基因组全序列及其应用。

背景技术

马铃薯M病毒（Potato virus M, PVM）属于香石竹潜隐病毒属(Carlavirus)，电镜观察发现病毒粒子为线状，大小为640×10nm。马铃薯M病毒是通过蚜虫通过非持久性传播方式传播的，它的寄主是茄科和豆科的作物。马铃薯M病毒的病毒基因组为线状+ssRNA，长8.5kb。马铃薯M病毒根据病毒外壳蛋白氨基酸构建的系统进化树或其核苷酸序列相似性（72-82%），分为5个株系，其中病毒编码的223kDa、25kDa、12 kDa、7 kDa、34 kDa（外壳蛋白）、11kDa蛋白与其分离物的核苷酸同源性分别低于72%、75.1%、71.6%、59.1%、94.6%、97%，云南马铃薯分离物属于其中之一。

发明内容

本发明的目的在于提供一种分离的核酸分子；第二目的在于提供所述的核酸分子的用途；第三目的在于提供一种分离的DNA分子。

本发明的第一目的是这样实现的，所述的核酸分子的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示或其反义序列。

在另一类优选例中，所述的核酸分子式DNA或RNA。

本发明的第二目的是这样实现的，所述的核酸分子用于制备检测马铃薯M病毒的引物、探针或试剂盒，或用于制备抗马铃薯M病毒的抗体。

本发明的第三目的是这样实现的，所述的DNA分子为SEQ ID NO：1所示或其反义序列中连续的150~8530个核苷酸所构成。

发明人通过常规的病样总RNA的提取和利用多对简并引物进行RT-PCR扩增、测定了侵染云南马铃薯的马铃薯M病毒基因组全序列。分析发现其基因组为线状、单链正义RNA，不含poly(A)全长8530nt，含6 个开读框（ORF），具香石竹潜隐病毒属（Carlavirus）典型结构特征。序列比较表明它与其他具有全基因组序列的马铃薯M病毒分离物各基因核苷酸相似性在57-75%之间，编码的5个基因其中病毒编码的223kDa、25kDa、12 kDa、7 kDa、34 kDa（外壳蛋白）、11kDa蛋白与其分离物的核苷酸同源性、相似性分别大于等于72%、75.1%、71.6%、59.1%、94.6%、97%，氨基酸序列同源性、相似性分别大于77.9%、83.41%、75.23%、58.5%、97.37%、95.37%的。根据病毒株系分类标准，马铃薯M病毒云南马铃薯分离物属于一个远缘株系。

马铃薯M病毒在马铃薯上引起斑驳、花叶、皱缩、叶片向外卷缩和枝条发育不良，严重影响生长。近年，我国番茄和人参果上有马铃薯M病毒为害的报道，但基因组序列比较分析发现，马铃薯M病毒马铃薯分离物与侵染番茄和人参果的马铃薯M病毒各基因核苷酸和编码蛋白核苷酸序列相似性在59-75%之间，序列差异较大，特异性明显，属于不同的株系。

PCR 和基因芯片诊断是一种快速而准确的检测方法，而这一类的诊断方法依赖于获得特异的基因序列。病毒的致病机制、传播特性的差异也是因为特异的基因序列。