[发明专利]生物特征序列数据处理方法及其处理系统在审
申请号: | 201610069212.4 | 申请日: | 2016-01-27 |
公开(公告)号: | CN105760714A | 公开(公告)日: | 2016-07-13 |
发明(设计)人: | 李盼盼;师佩;吕琪;吴涛;董亚非 | 申请(专利权)人: | 陕西师范大学 |
主分类号: | G06F19/24 | 分类号: | G06F19/24;G06F19/28 |
代理公司: | 暂无信息 | 代理人: | 暂无信息 |
地址: | 710119 陕西*** | 国省代码: | 陕西;61 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 生物 特征 序列 数据处理 方法 及其 处理 系统 | ||
1.生物特征序列数据处理方法,其特征在于,包括以下步骤:
在iGEM数据库中获取数据,并存储在原始数据表中;
将所述原始数据表中每个生物质粒进行拆分,获得多个特征序列,并存储在第一特征序列表中,所述第一特征序列表中存储有每个特征序列的名称、类型和序列信息;
在所述第一特征序列表中查询序列、名称和类型均相同的特征序列,每个保留一条,并存储在第二特征序列表中;
在所述第二特征序列表中查询序列相同,但是名称不同的特征序列,存储在第一名称数据表中;
在所述第一名称数据表中将存储的特征序列按照预设名称筛选规则进行删除,删除不符合所述预设名称筛选规则特征序列,获得第二名称数据表;
在所述第二名称数据表中查询序列和名称均相同,但是类型不同的特征序列,存储在第一类型数据表中;
在所述第一类型数据表中将存储的特征序列按照预设类型筛选规则进行删除,删除不符合所述预设类型筛选规则的特征序列,获得第二类型数据表;
在所述第二类型数据表中查询序列中含有除a、g、c和t字符之外的字符的特征序列,并删除该些特征序列,获得第三特征序列表。
2.如权利要求1所述的方法,其特征在于,所述预设名称筛选规则为特征序列的名称属于常用名称。
3.如权利要求1所述的方法,其特征在于,所述预设类型筛选规则为特征序列的类型属于常用类型。
4.生物特征序列数据处理系统,其特征在于,包括:
数据获取模块,用于在iGEM数据库中获取数据,并存储在原始数据表中;
质粒拆分模块,用于将所述原始数据表中每个生物质粒进行拆分,获得多个特征序列,并存储在第一特征序列表中,所述第一特征序列表中存储有每个特征序列的名称、类型和序列信息;
第一数据筛选模块,用于在所述第一特征序列表中查询序列、名称和类型均相同的特征序列,每个保留一条,并存储在第二特征序列表中;
第二数据筛选模块,用于在所述第二特征序列表中查询序列相同,但是名称不同的特征序列,存储在第一名称数据表中;
第一数据删除模块,用于在所述第一名称数据表中将存储的特征序列按照预设名称筛选规则进行删除,删除不符合所述预设名称筛选规则特征序列,获得第二名称数据表;
第三数据筛选模块,用于在所述第二名称数据表中查询序列和名称均相同,但是类型不同的特征序列,存储在第一类型数据表中;
第二数据删除模块,用于在所述第一类型数据表中将存储的特征序列按照预设类型筛选规则进行删除,删除不符合所述预设类型筛选规则的特征序列,获得第二类型数据表;
第三数据删除模块,用于在所述第二类型数据表中查询序列中含有除a、g、c和t字符之外的字符的特征序列,并删除该些特征序列,获得第三特征序列表。
5.如权利要求4所述的系统,其特征在于,所述预设名称筛选规则为特征序列的名称属于常用名称。
6.如权利要求4所述的系统,其特征在于,所述预设类型筛选规则为特征序列的类型属于常用类型。
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