[发明专利]接近性保留性转座

说明书

本文中提供的实施方案涉及用于制备靶核酸的条形码化DNA片段的固定化文库，鉴定基因组变体，测定靶核酸的接近性信息、定相信息、和甲基化状态的方法和组合物。

相关申请

本申请要求于2014年10月17日提交的美国临时申请No.62/065,544和2015年5月5日提交的62/157,396的优先权，其全部内容通过引用并入本文。

发明领域

本发明的实施方案涉及对核酸进行测序。特别地，本文提供的方法和组合物的实施方案涉及制备核酸模板并从其获得序列数据。

发明背景

已经使用存在于生物样品中的特定核酸序列的检测，例如作为用于鉴定和分类微生物，诊断感染性疾病，检测和表征遗传异常，鉴定与癌症相关的遗传变化，研究疾病的遗传易感性，并测量对各种类型治疗的响应的方法。用于检测生物样品中特定核酸序列的常见技术是核酸测序。

核酸测序方法已经从Maxam和Gilbert使用的化学降解方法和Sanger使用的链伸长方法相当大地演化。今天，使用几种测序方法，其允许在单次测序运行中并行处理核酸。因此，从单次测序运行产生的信息可以是巨大的。

发明概述

在一个方面，本文中描述了制备靶核酸的条形码化DNA片段(barcoded DNAfragment)的文库的方法。方法包括使靶核酸与多个转座体复合物接触，每个转座体复合物包含：转座子和转座酶，其中所述转座子包含转移链和非转移链。所述转座体复合物的至少一个转座子包含衔接头(adaptor)序列，所述衔接头序列能够与互补捕捉序列(complementary capture sequence)杂交。将所述靶核酸片段化成多个片段，并且将多个转移链插入所述片段的至少一条链的5’端，同时维持所述靶核酸的接近性(contiguity)。使所述靶核酸的所述多个片段与多个固体支持物接触，所述多个中的每个固体支持物包含多个固定化寡核苷酸，每个所述寡核苷酸包含互补捕捉序列和第一条形码序列，并且其中来自所述多个固体支持物中的每个固体支持物的所述第一条形码序列不同于来自所述多个固体支持物中的其它固体支持物的所述第一条形码序列。将所述条形码序列信息转移至所述靶核酸片段，从而生成双链片段的固定化文库，其中至少一条链是用所述第一条形码在5’加标签的，使得相同靶核酸的至少两个片段接受相同条形码信息。

在一个方面，本文中描述了用于测定靶核酸序列的接近性信息的方法。方法包括使所述靶核酸与多个转座体复合物接触，每个转座体复合物包含：转座子和转座酶，其中所述转座子包含转移链和非转移链，其中所述转座体复合物的至少一个转座子包含衔接头序列，所述衔接头序列能够与互补捕捉序列杂交。将所述靶核酸片段化成多个片段，并且将多个转移链插入多个片段中，同时维持所述靶核酸的接近性。使所述靶核酸的所述多个片段与多个固体支持物接触。所述多个中的每个固体支持物包含多个固定化寡核苷酸，每个所述寡核苷酸包含互补捕捉序列和第一条形码序列，并且其中来自所述多个固体支持物中的每个固体支持物的所述第一条形码序列不同于来自所述多个固体支持物中的其它固体支持物的所述第一条形码序列。将所述条形码序列信息转移至所述靶核酸片段，使得相同靶核酸的至少两个片段接受相同条形码信息。测定所述靶核酸片段的序列和所述条形码序列。通过鉴定所述条形码序列测定所述靶核酸的接近性信息。在一些实施方案中，在转座和随后转座子的衔接头序列与互补捕捉序列杂交后除去转座体复合物的转座酶。在一些实施方案中，通过SDS处理除去转座酶。在一些实施方案中，通过蛋白酶处理除去转座酶。