[发明专利]用于微生物组来源的诊断和治疗的方法及系统

说明书

一种用于诊断和治疗受试者中的免疫微生物功能异常的方法，该方法包括：接收来自受试者群体的生物样品的聚合集；生成受试者群体的微生物组组成数据集和微生物组功能多样性数据集中的至少一种；基于从微生物组组成数据集和微生物组功能多样性数据集中的至少一种提取的特征生成免疫微生物功能异常的表征，其中表征是诊断为克罗恩病、炎性肠病(IBD)、肠易激综合征(IBS)、溃疡性结肠炎和乳糜泻(celiac disease)中的至少一种；基于表征生成被配置为矫正免疫微生物功能异常的疗法模型；以及在与受试者相关联的输出设备，基于表征和疗法模型为受试者安排疗法。

相关申请的交叉引用

本申请要求2014年10月21日提交的序号为62/066,369的美国临时申请、2014年12月4日提交的序号为62/087,551的美国临时申请、2014年12月17日提交的序号为62/092,999的美国临时申请、2015年4月14日提交的序号为62/147,376的美国临时申请、2015年4月14日提交的序号为62/147,212的美国临时申请、2015年4月14日提交的序号为62/147,362的美国临时申请、2015年4月13日提交的序号为62/146,855的美国临时申请、和2015年8月18日提交的序号为62/206,654的美国临时申请的权益，其每一个通过该引用以其整体并入本文。

技术领域

本发明总体涉及微生物学领域，且更具体地涉及微生物学领域中的用于微生物组来源(microbiome-derived)的诊断和治疗的新的且有用的方法及系统。

背景

微生物组是与生物体相关的共栖(commensal)、共生(symbiotic)和病原微生物的生态群。人类微生物组包含比人类细胞多超过10倍的微生物细胞，但由于样品处理技术、遗传分析技术和用于处理大量数据的资源方面的限制，人类微生物组的表征仍处于初期阶段。尽管如此，怀疑微生物组在许多与健康/疾病相关的状态(例如，分娩的准备(preparation for childbirth)、糖尿病、自身免疫性紊乱、胃肠道紊乱、类风湿性紊乱、神经性紊乱等)中发挥至少部分的作用。鉴于微生物组在影响受试者健康方面的深远影响，应致力于与以下相关的努力：微生物组的表征、从表征生成洞察、以及生成被配置为矫正失调状态的治疗。然而，目前用于分析人类的微生物组并基于获得的洞察提供治疗措施的方法及系统留下了许多未被答复的问题。特别地，由于目前的技术的限制，用于表征某些健康状况的方法和适合于特定受试者的疗法(例如，益生菌疗法)尚不可行。

因此，在微生物学领域，对用于以个体化和群体广度的方式表征健康状况的新的且有用的方法及系统存在需求。本发明产生了这样的新的并有用的方法及系统。

附图简述

图1A是用于生成微生物组来源的诊断和治疗的第一种方法的实施方案的流程图；

图1B是用于生成微生物组来源的诊断和治疗的第二种方法的实施方案的流程图；

图2示出了用于生成微生物组来源的诊断和治疗的方法及系统的实施方案；

图3示出了用于生成微生物组来源的诊断和治疗的方法的实施方案的一部分的变化形式；

图4示出了用于在用于生成微生物组来源的诊断和治疗的方法及系统的实施方案中生成模型的方法的变化形式；

图5示出了在用于表征健康状况的方法的实施方案中基于益生菌的疗法藉以起作用的机制的变化形式；以及

图6示出了在用于生成微生物组来源的诊断和治疗的方法的实例中疗法相关的通知提供的实例。

实施方式的描述

本发明的实施方案的以下描述不意图将本发明限制为这些实施方案，而是意图使本领域的任何技术人员能够制造和使用本发明。

1.第一种方法