[发明专利]用于在基因材料样本中检测微小变异体的方法和系统

说明书

一种用于确定微小变异体的计算机实施的方法。所述方法包含接收来自测试样本的电泳图序列数据，识别所述电泳图中的任何非主要峰，以及使用至少一个信号特征表征所识别的非主要峰。所述方法可进一步包含在所识别的非主要峰之间分析所述至少一个信号特征以识别候选变异体，评估所述所识别的候选变异体中的每个候选变异体的至少一个峰特性，以及基于峰特性的评估将候选变异体分类为真正变异体。

背景技术

生物分析装置，包含诸如平板凝胶和毛细电泳法测序仪之类的DNA测序系统，通常利用一种经由分离介质中的迁移来分离DNA片段的方法。通常在分离的片段穿过检测区域时读取与每个片段相关的标签((例如)荧光染料)。结果是一系列迹线，有时被称作电泳图，其中每根迹线与标签随时间而变的丰度有关。对每根迹线中的峰的解释会得到对于样本的基因序列的确定。这些解释，有时被称作碱基判定，可以手动地或以自动方式(例如使用经过编程的计算机)执行。信号的解释方法是碱基判定处理的重要因素，并且可能很大地影响结果的质量。

基因材料(DNA或RNA)的样本可能含有基因材料的多于一个变异。一个例子是大多数病毒的基因档案相同但是有些病毒有轻微变异的病毒群体中提取的样本。另一个是例子是大多数基因材料是正常的但是有几个基因材料是从癌组织中提取的血液样本。在这些情形下，大多数基因材料是相同的，而对应于最常见的基因材料的DNA或RNA的碱基被称作主要碱基。较不常见的基因材料的碱基序列大部分与常见材料是相同的，但是在几个碱基位置是不同的。这些差别可被称为微小变异体。本文中论述的方法涉及精确地检测和识别基因材料样本中的微小变异体。

发明内容

本公开在一些实施例中涉及一种计算机实施的用于确定微小变异体的方法。所述方法包含接收来自测试样本的电泳图序列数据，识别所述电泳图中的任何非主要峰，以及使用至少一个信号特征表征所识别的非主要峰。所述方法可进一步包含在所识别的非主要峰之间分析所述至少一个信号特征以识别候选变异体，评估所述所识别的候选变异体中的每个候选变异体的至少一个峰特性，以及基于峰特性的评估将候选变异体分类为真正变异体。

在一个实施例中，可以提供一种非暂时性计算机可读存储媒体，其编码有处理器可执行的指令。所述指令可以包括用于以下操作的指令：接收来自测试样本的电泳图序列数据，识别电泳图中的任何非主要峰，以及使用至少一个信号特征表征所识别的非主要峰。所述非暂时性计算机可读存储媒体可进一步包含用于以下操作的指令：在所识别的非主要峰之间分析所述至少一个信号特征以识别候选变异体，评估所述所识别的候选变异体中的每个候选变异体的至少一个峰特性，以及基于峰特性的评估将候选变异体分类为真正变异体。

在又一实施例中，提供一种用于确定微小变异体的系统。所述系统可以包括处理器和编码有所述处理器可执行的指令的存储器。所述指令可以包括用于以下操作的指令：接收来自测试样本的电泳图序列数据，识别电泳图中的任何非主要峰，以及使用至少一个信号特征表征所识别的非主要峰。所述指令可以进一步包含用于以下操作的指令：在所识别的非主要峰之间分析所述至少一个信号特征以识别候选变异体，评估所述所识别的候选变异体中的每个候选变异体的至少一个峰特性，以及基于峰特性的评估将候选变异体分类为真正变异体。

附图说明

图1示出根据本传授内容的实施例的用于执行检测微小变异体的方法的计算系统。

图2示出根据本传授内容的实施例的用于执行检测微小变异体的方法的分布式系统。

图3示出根据本传授内容的实施例的通过分离片段可能得到的电泳迹线。

图4A-图4B示出根据本传授内容的实施例的用于确定微小变异体的工作流。

图5A-图5C示出根据本传授内容的实施例的用于确定微小变异体的另一工作流。

图6示出根据本传授内容的实施例的用于确定微小变异体的另一工作流。